一、定植过密。由于温室设施投入较大，蔬菜栽培时想通过提高定植密度等措施来提高产量，从而提高经济效益，实践表明是不科学的。保护地内水肥充足，湿度大，温度较高，相同品种在保护地内的生长势强。定植密度偏大时常造成田间郁闭，通风透气差，容易诱发病害。因此，同样的品种与露地相比，光照相对较差，定植密度应较露地小。
二、忽视微肥。有些菜农往往重视大量元素的施用，轻视或根本不进行微量元素的补充，很容易诱发生理性病害。蔬菜施肥应以提高土壤肥力、降低硝酸盐含量、改善蔬菜品质和提高产量为原则。以有机肥为主，推广配方施肥，做到控氮、稳磷、增钾，提倡使用生物有机肥、复合肥、蔬菜专用肥，有针对性地施用微肥。适时适量使用氮肥，不过量施肥，收获前20天禁止施用化学肥料。
三、滥用植株生长调节剂。植株生长调节剂在调节蔬菜生长、促进生根、控制瓜类性别分化、防止落花落果等方面起着较大的作用，因而广泛用于瓜类、豆类、绿叶类、茄果类等多种蔬菜。但生产中往往存在使用浓度过大、使用时期不当或多次重复使用的问题，对蔬菜生产造成损失。如低温期坐果使用浓度偏大，易导致畸形果发生等。因此，要在了解其作用机理的情况下，掌握其浓度、使用时期、使用次数等。无公害蔬菜、绿色蔬菜一般不主张使用，而有机蔬菜是禁止使用的。
四、连作问题。在一些地区，由于某种作物效益很好，种植者常常在保护地里连年种植一种作物，地力得不到恢复，最终导致各种病害加重、产量降低、品质下降。蔬菜同科作物普遍忌连作，与同科作物连作的时间间隔至少两年。在保护地内，因无严冬酷暑，病菌虫卵繁殖快、数量多，更需实行轮作倒茬，一般轮作期为3-4年。轮作倒茬原则上以一种高产高效的作物为主茬，轮作换茬要有利于控制病虫害、提高土壤肥力，注意生物间的相生相克，尽量使前后茬作物、相邻间作作物发挥互利或偏利作用，也可利用作物与杂草的相克作用控制病虫草害的发生。
