适时采收。人工栽培的黑木耳，一年种、三年收，当年初收，次年盛收，第三年罢收。每年接种一批段木，便可连续生产。
（一）采收的成熟度。耳色转浅，由黑变褐，耳片边缘舒展软垂下来，肉质肥厚，耳根收缩，腹面已产生白色孢子粉，此时应立即采收。
（二）采收季节。分春、伏、秋三个阶段：从清明到小暑前采收的叫春耳，这段时间的木耳，朵大肉厚，色泽灰黑，吸水膨胀率好，质量佳。从小暑到立秋前采收的叫伏耳，此时由于气温高，病虫害也多，容易造成烂耳，质量差，但产量最高。立秋后采收的叫秋耳，朵形略小，肉质中等，质量好于伏耳次于春耳。（采春耳和秋耳，要采大留小，采收伏耳要大小一齐采）。
(三）采收时间。无论春耳、伏耳、秋耳，都要在雨过天晴，耳片稍干后采收。如天气干旱，采收的头天傍晚，要均匀地喷水，次日晨露水干后采收，这样的木耳不易破碎。如遇连绵阴雨天气，也必须采收，以免造成流耳。
（四）采收的方法。通常用小竹刀或小刀沿着子实体的边缘插入耳根，割下耳片，并挖出耳根。总的要求是：勤采、细采，成熟一朵，采收一朵，以免造成流耳而受损失。
及时制干。采收后的鲜木耳含水分多，如不及时制干，易造成腐烂变质。制干的方法有两种：一种是天气晴朗，光照充足，将采收的木耳薄薄摆摊在晒席里，烈日曝晒1-2天，达到制干程度。另一种是采收时下雨，可及时烘干。可利用烤棚或自建简易烤室，将鲜木耳摆在折子上，分层放好，烧炭水加温，温度不超过40℃为宜，若温度过高，易烤焦烤熟或自溶腐烂。烘烤时烤筛上下移动，使其受热一致，干燥均匀。烘烤时勿多翻动，切忌烟熏，以免影响品质。
认真贮藏。制干的黑木耳，应剔除碎片、杂物等，可以按大、中、小和好、中、差分装，或混装，采用无毒塑料袋装好，扎紧袋口，密封放置在木箱或木桶内，贮藏在干燥通风室内。
