施肥对蔬菜的污染主要有两个途径，其一是通过肥料中所含有的有害物质，如重金属、病原微生物、毒气等直接对蔬菜或土壤的污染；其二是通过施入大量氮素肥料造成蔬菜体内硝酸盐的过量积累。因此，绿色蔬菜生产中使用肥料的原则是必须使足够数量的有机质返回土壤，以保持增加土壤肥力及土壤生物活性，并且不会对环境和作物(营养、味道和植物抗性)产生不良影响。
针对施肥对蔬菜污染的两个途径，在施肥上应注意以下几点：
1、重施有机肥：绿色蔬菜用肥上应选用优质农家肥，商品肥料首先选用商品有机肥、腐植酸类肥料、微生物肥料、半有机肥料及含磷、钾、钙、硫的无机肥料。有机肥不会导致蔬菜硝酸盐污染，耐储存，品质好。用于蔬菜的有机肥应充分腐熟后再用。
2、不施硝态氮肥：氮肥施用不当，容易造成蔬菜积累氮素，形成硝酸盐。尤其施用硝酸铵，硝酸钾等硝酸肥料更容易积累硝酸盐。施用碳铵，硫铵和尿素等氮肥，应控制用量，而且应深施覆土，可减少蔬菜对硝酸盐的积累。蔬菜中硝酸盐的积累随着施氮量的增加而提高。因此，每亩施氮量应控制在15千克内，2/3作基肥，1/3作苗肥深施。
3、因地、因苗、因季节施肥：肥力高，富含有机质的土壤，蔬菜易积累硝酸盐，应禁施或少施氮肥。低肥菜田，蔬菜积累的硝酸盐较轻，可施氮肥和有机肥以培肥地力。一般菜地，如采取测土平衡施肥，既有利于优质高产，又使蔬菜不易积累硝酸盐。还有利于培肥地力。苗期施用氮肥较好，有利于蔬菜早发、快长，降低硝酸盐含量。夏秋季气温高，不利于积累硝酸盐，可适量地施氮肥。冬春季气温低，光照弱，硝酸盐还原酶活性下降，容易积累硝酸盐，应不施或少施氮肥。
4、叶菜类蔬菜切忌叶面喷施氮肥。氮肥作叶面肥直接与空气接触，铵离子易变成硝酸根离子被叶子吸收，硝酸盐积累增加。因此，无公害叶菜类生产中应禁止叶面喷施氮肥，尤其是在收获前1个月不能叶面喷施氮肥。
