有机肥不会导致蔬菜硝酸盐污染，且使蔬菜耐贮存，品质好。有机肥应经高温堆沤腐熟杀死病菌、虫卵后施用。沼气废渣液肥效高，经常使用，病虫少，可减少农药用量，提高蔬菜产量。施用沼气渣的蔬菜，是最佳的无公害蔬菜。
硝酸铵、硝酸钙、硝酸钾及含硝态氮的化肥，容易使蔬菜积累硝酸盐，菜地不宜施用。碳铵、硫酸铵、酰胺态氮、尿素应控制用量，并深施盖土。
不同种类蔬菜，吸收硝酸盐程度不同，菠菜、白菜、苋菜、莴苣等，容易积累硝酸盐，严禁施用硝态氮肥；卷心菜、缩叶莴苣等，对硝酸盐积累少，可少量施用；番茄、茄子、辣椒、萝卜、胡萝卜等果菜和根菜类，对硝酸盐积累较轻，可于收获前15-30天停止施用硝态氮。
夏秋菜生长季节气温高，不易积累硝酸盐，可适量施氮肥；冬春菜光照弱，容易积累硝酸盐，应不施或少施氮肥。
富含腐殖质的土壤，蔬菜的硝酸盐含量高，禁施氮肥。低肥菜地，蔬菜积累硝酸盐较轻，可施氮肥和有机肥。
氮肥深施在土壤12厘米以下，肥料利用率高，硝化作用缓慢，可减少蔬菜对硝酸盐积累。苗期施氮肥最好，有利于蔬菜早发、快长，有利于降低硝酸盐积累。
蔬菜中硝酸盐积累随施肥量的增加而提高，因此每亩施氮量应控制在30公斤内，其中70%-80%用作基肥，20%-30%用作苗肥深施。
叶菜类不能叶面施肥。叶面喷施，氮肥直接与空气接触，铵离子易变成硝酸根离子被叶面吸收，使硝酸盐积累增加，且不耐贮存。
污水会污染蔬菜，凡是被氮、砷、锡、锌等污染的废水严禁淋、浇蔬菜。城市生活污水应作无害化处理，杀死病菌、虫卵后与清水混合，在早晚气温较低时施用。
