一、高温闷棚。上茬作物收完后不清除残株，将棚室密闭7-10天，使棚温在晴天达60-70℃，待处理完毕再清除棚内残株，既省工省力，又防止虫源扩散到露地。
二、覆盖防虫网。在秋季和春季的保护地的通风口处设置防虫网，防止露地和棚内的虫源交换。
三、悬挂黄板诱杀成虫。在保护地内架设黄板，始终保持黄板的悬挂高度在作物生长点上方20厘米处，并保持黄板的粘着性，可收到很好的效果。
四、药剂防治。①烟剂熏杀成虫。斑潜蝇发生量大时，用专用烟剂熏杀成虫，要连用2-3次。②叶面喷雾杀幼虫。在上述方法没能控制危害时，可采用植物源杀虫剂和高效低毒杀虫剂喷雾叶面，如是美洲斑潜蝇和番茄斑潜蝇则对叶正面喷，如是南美斑潜蝇要对叶正反两面喷。具体的药剂有除虫脲3000倍液，灭幼脲2500倍液、除尽5000倍液等。
