大棚蔬菜对施肥要求很高，如果施肥不当，不仅会导致土壤板结，引起蔬菜肥害，而且还会使硝酸盐、亚硝酸盐含量超标。而这两种物质对人体健康有极大的危害。因此，在大棚蔬菜生产上，我们一定要慎施化肥，科学施肥。
多施有机肥，少施化肥有机肥料养分含量齐全，肥效持久，施用后不仅能改良菜地土壤，还可为蔬菜提供多种养分。
控施化学氮肥，增施磷钾化肥氮肥虽然是大棚蔬菜生产中不可缺少的肥料，但也不能过量施用。而磷、钾作为提升蔬菜品质的元素，可参与蔬菜体内的生化反应，可活化蔬菜体内60多种酶，使蔬菜抗逆性能明显增强，因此应大量施用。另外，在大棚蔬菜生产管理上，应适当增加掀棚、开窗的次数及时间，增加光照强度，以尽量减少蔬菜体内硝酸盐的含量。
禁止施用硝态氮要尽量避免施用硝酸铵、硝酸钾以及含硝态氮的复混肥，从而减少蔬菜中硝酸盐积累。
不宜施含氯化肥如氯化钾、氯化铵等。因为氯离子能降低蔬菜中的淀粉含量，易使蔬菜品质变差，产量降低，而且残留于土壤中易造成土壤脱钙，引起板结。
限量施用硫酸镁、硫酸铵类肥料因为肥料中的硫酸根离子，不易被蔬菜吸收，如果留在土壤中，还会危害蔬菜生长。另外还要限量施用碳铵，因氨气挥发，容易引起氨害。
实施测土配方平衡施肥大力推广蔬菜专用型复合肥料。因为专用性肥料是根据不同蔬菜的需肥特点和土壤供肥状况而研制确定的，养分更齐全、营养更科学、配方更合理、针对性更强，施用后能显著提高蔬菜产量和改善蔬菜品质。
选择含有锌、钼、钙、镁等元素的新化肥这些营养元素能积极改进蔬菜品质，同样是蔬菜生长必不可少的。
推广使用生物肥料建议使用生物有机复合肥料。因为生物肥料含有微生物活化菌，它是由有机肥、无机肥、菌肥、增效剂等复合而成的优质肥料，能实现各种肥料的科学配合，使其达到优势互补，效益相互促进，是实现大棚蔬菜平衡施肥的最佳肥料品种之一。施用生物有机复合肥，可改良土壤，增加土壤肥力，给大棚蔬菜创造良好的生长环境。
限制使用激素有些激素如赤霉素（920）、乙烯利、多效唑等，使用后虽可起到催熟、催长的作用，但易降低蔬菜品质，因此应少用激素。
