蔬菜的许多病虫害是由带病种子传播的，例如瓜类炭疽病、细菌性角斑病、番茄叶霉病、早疫病、病毒病等。为了杀灭种子上的可能携带的病菌、虫卵，在催芽和播种之前必须对种子进行消毒，常用的方法有以下几种。
一、温汤浸种
温汤浸种又叫热水烫种，是一种适用多种蔬菜种子的消毒方法，可以杀灭潜伏在种子表面的和内部的病原菌，方法简单易行，操作性强，可与浸泡种子结合进行。方法是将种子放在5-8倍于种子重量的55℃-60℃的热水中浸泡10-15分钟，边浸边搅(朝一个方向旋转)，等烫种时间到了以后，把水温降到30℃左右，开始转入浸种。浸种时间依据品种而定，如黄瓜、番茄、甜椒、甜瓜等浸种5-6小时，茄子、苦瓜、西瓜、冬瓜、丝瓜等浸种22-24小时，黑南瓜籽、葫芦籽皮壳比较厚硬的品种应该浸种46-48小时。
二、药剂处理
药剂处理种子分为药剂浸种和药剂拌种，药剂处理前应先将种子用清水浸泡2-4小时，然后再置于药剂中处理，否则易产生药害。
1.药剂浸种。这种消毒方法因为防治病原物的种类不同而有所不同。若防治番茄、辣椒病毒病，可先将种子用清水浸泡2-3个小时，然后浸入10%的磷酸三钠或2%氢氧化钠水溶液中，20分钟后取出，用清水反复冲洗干净。如果防治蔬菜苗期猝倒病、番茄早疫病、茄子褐斑病等，可将种子用水浸泡3-4小时，再浸入40%的福尔马林100倍液中，20分钟后取出，用湿布盖好闷2-3个小时，再用清水洗净。若防治甜椒炭疽病和细菌性斑点病，可将种子先用清水泡2-4个小时，再浸入1%的硫酸铜溶液中，5分钟后取出，用清水洗净。要防治黄瓜枯萎病，可用50%多菌灵500倍液或福尔马林150倍液浸种60分钟，捞出用水洗净即可。
2.药剂拌种。药剂用量一般为种子干重的0.3%，在浸种处理后均匀拌在种子上。常用的杀菌剂有70%敌克松，可防治番茄、辣椒、茄子的立枯病和菜豆炭疽病，50%的福美双可防治菜豆炭疽病，氧化亚铜可防治黄瓜猝倒病。
三、种子干热处理
将干燥的种子放在70℃的干燥箱中处理2-3天，可使种子上附着的病毒钝化，失去活性，并且能增加种子活力，促进种子萌发整齐一致，此法可以防治西瓜、辣椒、番茄病毒病等。
