1．病斑型以褐斑病为主，子实体表面有白色的毛状菌丝，同时着生褐色小斑点，受其影响，蘑菇顶盖上出现萎缩，个别的蘑菇盖部干裂；还有的以锈斑为主，蘑菇柄、菇盖上出现铁锈色的斑点，主要原因是棚内湿度过大，通风不良。
2．畸型主要表现在蘑菇柄细长，根系发达且粗壮，外部形态好像海中的珊瑚，主要原因是大棚中缺少氧气或者通风不良。
3．徒长型：蘑菇的菌丝体表层生出大量团状气生菌丝，使平蘑出现了徒长的状态。这种现象的发生主要是大棚内湿度过大，影响了蘑菇的正常生长。
针对上述几种不同类型，要采取如下措施预防蘑菇病害的发生。首先在栽培中注意不要浇水过多，控制棚内的湿度，湿度过大时要及时放风。另外，还要注意菌株的提纯复壮，载体的灭菌消毒等。
此外，有的平蘑受螨虫（红蜘蛛）的为害，主要表现在平蘑的菌丝体和子实体受害。个别的菌盖、菌褶也受为害，造成平蘑表面出现了许多黄色凹形斑，影响了平蘑的质量和外观。另外，在平蘑生产中，种蝇在平蘑基部产卵后，孵化出大量的幼虫（又叫蛆），为害平蘑的各种部位。
防治方法：不管是红蜘蛛还是种蝇，均可用1.8%的虫螨克400至600倍液或4%绿菜宝乳油400到600倍液喷雾。
