大棚蔬菜若施用肥料不当，不仅会导致土壤板结，引起蔬菜肥害，而且还会使蔬菜硝酸盐、亚硝酸盐含量超标，危害人体健康。因此，在大棚蔬菜生产上，一定要慎施化肥，科学施肥。大棚蔬菜科学施肥应注意以下几个问题：
农家肥要腐熟大棚蔬菜施用农家肥时要充分腐熟。因为没有经过腐熟的农家肥存有病菌和虫卵，给蔬菜施用后，容易使病害得到传播。另外，如果将农家肥放到大棚里再进行腐熟，将会产生氨气烧伤菜苗。因此，农家肥要充分腐熟后再施用。农家肥养分含量齐全、肥效持久，施用后不仅能改良菜地土壤，还可为蔬菜提供多种养分，每亩大棚施农家肥至少要达到3方以上。
施肥方法要科学合理底肥最好在蔬菜定植一周前施用，并且要与土壤混合均匀。追肥可以在距离植株7~10厘米的地方沟施或者穴追，追肥后要及时盖土、浇水，千万不要将肥料直接撒在地面或植株上，以免肥料挥发或烧伤蔬菜秧苗。根外追肥应该在蔬菜需要肥料的高峰期及蔬菜生长后期，最好选择在阴天或傍晚的时候进行，尽量将肥液喷到新叶及叶子背面，以利于蔬菜吸收。
化肥施用要适量大棚内的肥料不容易流失，过度施用化肥，能够引起土壤中盐类浓度增加，导致土壤的盐渍化。要控制氮肥，增施磷钾肥。需要禁止或限量施用的氮肥是硝态氮，如硝酸铵、硝酸钾以及含硝态氮的复混肥。在大棚蔬菜管理上，增加通风时间，增强光照强度，可减少蔬菜硝酸盐的含量。不宜施含氯化肥，如氯化钾、氯化铵等。氯离子能降低蔬菜中的淀粉含量，使品质变劣，而且残留于土壤中易造成土壤板结。要限量施用硫酸镁、硫酸铵类肥料，因为硫酸根离子，不易被蔬菜吸收而留在土壤中，危害蔬菜生长。另外还要限量施用碳铵，因氨气挥发，容易引起氨害。
微肥施用要适量微量元素肥料在蔬菜上需求量虽然很小，但它在蔬菜代谢中的作用却是很大的，能大大提升蔬菜品质。目前常用的微肥有硼、钼、锌、铁肥等。微肥多做基肥施用，也可以用于拌种、浸种或根外追肥。微肥适量与过量之间的范围比较窄，所以用量一定要准确，避免造成肥害。
使用植物生长调节剂要得当使用好植物生长调节剂，会对蔬菜增产起到促进作用，但是每种调节剂在应用上都有一定的条件和范围，尤其要掌握好使用的时间和浓度，不能马虎大意，否则就不能达到蔬菜增产的效果，而且人们长久食用也会对身体健康不利。
大力推广生物有机复合肥料生物肥料含有微生物活化菌，它是由有机肥、无机肥、菌肥、增效剂复合而成的“四合一”肥料，实现了各种肥料的科学配方，优势互补，效益互促，是实现大棚蔬菜平衡施肥的最佳肥料之一。
尽量施用蔬菜专用性肥料在实施配方施肥的前提下，推广蔬菜专用型复合肥料。专用性肥料是根据不同蔬菜的需肥特点和土壤供肥状况而研制确定的，养分更齐全，营养更科学，配方更合理，针对性更强，施用后能显著提高大棚蔬菜产量和品质。
