蔓枯病、灰霉病、菌核病、炭疽病和细菌性软腐病均会造成黄瓜茎蔓腐烂，应辨明病因对症治疗。
蔓枯病近期黄瓜烂蔓大多由蔓枯病引起。蔓枯病在黄瓜茎蔓上的症状表现为，发病初期出现椭圆形或菱形白色病斑，有时会流出乳白色胶状物，严重时茎蔓开裂，最后导致茎蔓腐烂。叶片也易染病，病菌开始从叶片边缘侵入，向内发展，呈“V”字形，病斑淡黄色，有不清晰的轮纹，上面有很多小黑点。
黄瓜蔓枯病在温度18~25℃、相对湿度85%以上时发生较重。冬季大棚管理应注意升温排湿，白天温度控制在25~33℃，夜间控制在15~20℃。在保证棚温的前提下水量有很大关系，宜采用膜下浇小水的方法浇水，以浇透为度，田面不能积水。发病田块应及早摘除病枝和病叶，并带出棚外深埋或焚烧。
黄瓜进入开花结果期后，因果实膨大吸收了大量的营养物质，造成茎蔓细弱、叶片变薄，植株抗逆能力降低，易被病菌侵染。可以用80%福美双可湿性粉剂或75%百菌清可湿性粉剂500倍液喷雾预防，每隔7~10天一次，发病后用25%咪鲜胺乳油1000倍液喷雾。
灰霉病灰霉病是冬季大棚黄瓜上高发的一种病害，大多从残花开始侵入，引起瓜腐烂。这些染病的残花和烂瓜附着在茎蔓上，还会引起茎蔓腐烂，严重时造成茎蔓折断，植株枯死。病菌能产生大量孢子，随气流传播，病情较难控制。灰霉病在温度20~23℃、相对湿度90%以上时易发生。发病前可以用40%多菌灵可湿性粉剂或75%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液喷雾预防，每隔7~10天一次。发生灰霉病后应控制放风量，保持38~40℃高温闷棚2小时，以杀灭棚内大量病菌。同时，用50%腐霉利可湿性粉剂或50%乙烯菌核水分散粒剂（500倍液）喷雾混加40%多菌灵可湿性粉剂（500倍液）喷雾。结合应用50%腐霉利烟剂等熏棚，杀灭棚内病菌。
菌核病茎蔓染病多在近地面的茎部开始发病，初期出现淡褐色水渍状病斑，后期病茎软腐，长出白色棉絮状菌丝。病部的髓腔腐烂中空或开裂，后期菌丝密集形成黑色鼠粪状菌核。菌核病发病的适宜温度为24℃，相对湿度为85%以上，棚内湿度降至80%以下时不发病。防治菌核病应注意环境调节，降低棚内湿度。药剂防治，可以用50%乙烯菌核水分散粒剂或50%腐霉利可湿性粉剂500倍液喷雾，或者用50%腐霉利烟剂熏棚。
炭疽病主蔓和叶柄发病，病斑椭圆形、黄褐色、凹陷，严重时连接成片包围主蔓，导致植株的部分或全部枯死。相对湿度在87%以上、温度在24℃时，黄瓜炭疽病从侵染到表现出明显症状只需3天时间，发病速度快。对未发病的植株，可以用保护性杀菌剂如百菌清等药防病。发病后，可以用25%溴菌腈可湿性粉剂（500倍液）或25%咪鲜胺乳油（1000倍液）混加80%福美双可湿性粉剂（750倍液）喷雾防治。
细菌性软腐病初期染病茎蔓呈水渍状，变褐色缢缩，叶片由下向上萎蔫，中午较严重，早晚可以恢复，最后全株凋萎死亡。剖开茎蔓用手挤压有乳白色菌脓从维管束切面溢出，维管束一般不变色。
在管理过程中，应注意减少伤口产生。在浇水前落蔓，以免浇水后茎蔓含水量大，造成茎蔓折断，使伤口增多，不易愈合。选择晴天下午摘叶，摘叶后及时喷药，降低病菌从伤口侵入的几率，可以用72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂1500倍液或3%中生菌素可湿性粉剂500倍液喷雾。加强肥水管理，减少根系损伤，增强植株抗病性。
