斑点叉尾鮰的鱼病防治是养殖过程中的一个重要环节，尤其在高密度养殖中更为重要，应切实做好防病治病工作，落实“无病先防、有病早治、防重于治”的方针。
1、斑点叉尾鮰病毒性疾病
[病原]：斑点叉尾鮰病毒病(CCVD)
[病状]：病鱼皮肤及鳍基部出血，腹部膨胀，并有淡黄色渗出液(腹水)。鳃苍白或出血，眼球突出。如解剖检查则可以见到肌肉组织、肝、肾和脾有出血区。病鱼呈螺旋形游动，呆滞和头朝上垂直悬浮于水中。
[流行]：该病有高度的接触传染性。水温30℃时发病，主要危害10厘米以下的鱼种，病程一般为3～7天。死亡率可达95～100％，残存鱼生长缓慢。
[防治]:目前对本病尚无有效的药物治疗。应从预防着手，注意放养密度，加强饲养管理。特别要注意控制投饵量和防止水质恶化。外用药物可以用碘制剂进行浸泡。预防内服药物，可以用三黄粉拌饲料投喂，治疗混合感染可以用盐酸土霉素或氟苯尼考。
2、出血性腐败症
[病原]:嗜水气单孢菌
[病状]:病鱼在水中呈呆滞的抽搐状游动，停止摄食，体表有圆形稀疏的溃疡，腹部肿胀，眼球突出，体腔内充满带血的液体，肝脏灰白带有小的出血点，肠内充满带血的或淡红色的粘液，后肠及肛门常有出血症状、肿大。此病多发于春季或初夏。
[防治]:一般采用内外结合治疗法。使用二氧化氯0.2mg/L或二溴海因0.2mg/L泼洒池水。选用磺胺类药物每天每公斤鱼投放药物约200mg，第2-7天用量减半。
3、肠道败血症（ESC）
[病原]:爱德华氏菌
[病状]:初期病鱼胸鳍侧有损伤，外部如针状的创伤，并深入到肌肉。在10～15天内损伤面积逐渐扩大，病菌频繁入侵病鱼血液或感染肾脏，患病的成鱼在损伤的肌肉内有恶臭的气体。
[治疗]：水体消毒，二氧化氯0.2mg/L或溴氯海因0.2mg/L或三氯异氰脲酸0.3mg/L全池泼洒。同时拌饵内服蒽诺沙星10～15g/kg鱼或恩诺沙星20-50mg/kg鱼，连用5～7天。
4、细菌性烂鳃病（又名柱状病）
[病原]:柱状鳍纤维菌
[病状]:初期在病鱼躯干部、头部出现损伤，或鳍条有灰白点，并有轻微充血。皮肤完全被侵蚀、肌肉暴露。另外感染鱼的鳍被腐蚀后，病原体扩散到身体其它部位。通常鳃丝末端开始有褐色的坏死组织，发展到鳃丝基部。
[防治]:用1～3％的食盐水浴至鱼有不安状。用30%溴氯海因0.1-0.15ppm全池泼洒。
每公斤鱼用磺胺甲噁唑200mg拌入饵料投喂，或每千克鱼每天用氟哌酸50～100毫克，连用3～5天。
5、传染性套肠症
[病原]:嗜麦芽寡养单胞菌。
[病状]以发生严重的肠炎、肠套叠和脱肛为主要特征，在短时间内即可引起大量死亡。病鱼腹部膨大，体表出现大小不等色素减退的圆形或椭圆形的褪色斑，在退色斑的基础上发生溃疡，并很快着生水霉；腹水，肠腔内充满淡黄色或含血的粘液。
[流行]该病在自然情况下斑点叉尾鮰鱼苗、鱼种和成鱼均可感染，一般是每年的3月下旬或4月初开始发病，并随水温的升高病程缩短。发病急，病程短，死亡快。
[防治](1)及早预防，早诊断，早治疗。加强饲养管理，减少低溶氧和恶劣的水环境的刺激。（2）二氧化氯0.2mg/L或溴氯海因0.2mg/L或三氯异氰脲酸0.3mg/L全池泼洒。内服氟苯尼考１５－２０g/kg鱼拌饲料投喂，连喂５－７天；或用复方磺胺甲噁唑第一天用药200mg/kg鱼，第2-7天减半，同时拌入护肝药物以提高鱼体的免疫能力。
