在平菇生产过程中。由于多种因素导致畸形菇的产生，严重影响到平菇的产量和品质。因此，在生产中要做好以下几种畸形菇的判断与防治：
花椰菜状。由大量原基密集组成，直径由几厘米到20厘米不等，菌柄不分化或极少分化，不形成菌盖。多因培养室内二氧化碳浓度过高或农药中毒引起。另外，遗传性状的变化也能形成这种畸形菇，一般菇形较大。注意加强菇房通风，出菇期不要使用敌敌畏等化学农药，不要使用没有经过出菇试验的品种。
珊瑚状。由一大群分化不正常的菌柄所组成，菌柄呈珊瑚状分枝，没有菌盖或很少有菌盖。此类畸形菇与氧气供应不足，揭膜过迟和光照不足有关。注意加强通风并给予充足的光照。
贝壳状。菌柄短而粗，菌盖发育不完全，外形如贝壳，没有菌褶或仅有残留菌褶的痕迹。此类畸形菇大多发生在气温较低的11月至翌年2月，与菇房氧气供应不足、二氧化碳积累过多有关。气温回升后，注意开窗通风即可。
二次分化。表现为在菌盖上生长小菇。因菇房通风不良所造成，应注意通风。
高脚菇。为菇房（特别是地下室）最常见畸形菇，柄粗而长，质韧，盖薄而小，比例失调。主要因光照不足，二氧化碳浓度过高，气温偏高所引起。
黑边菇。子实体形态发育比较正常，但个体较小，菌盖边沿深黑色，产量很低。这种畸形的发生与遗传有关，应在出菇试验鉴定后用于生产。
