一、菌种选择是关键
应根据北方地区气候生态条件，选择抗逆性强，生命力旺盛，耳根小，易开片，耳片正反面明显，背面有耳筋，耐高温，耐水，产量高，品质好的中、晚生品种。
二、二级菌种成活率低的问题
二级菌种成活率低的问题一直困扰着很多黑木耳栽培者。其主要原因是培养基酸度太大。由于木屑紧缺，很多栽培者夏季购进木屑，贮藏期内由于微生物发酵产酸，或者是生产时料堆过大，装瓶时间过长，再加上八、九月份气温高，微生物在料中繁殖过多，产生的酸使培养基中酸度过大，造成菌种成活率低，甚至全部不成活。所以，在生产菌种时，应根据培养料的具体情况来调节酸碱度。陈木屑一般都偏酸，应加适量的石灰调节，拌料后pH值应在7左右，不能小于6，大于7.5；如果石灰过量pH值达8以上，菌种也无法成活。
三、栽培菌袋污染率高的问题
1、灭菌不彻底易造成细菌污染。表现在接菌后头几天木耳菌丝体生长正常，十几天后菌丝生长缓慢，最后停止生长，表面上看菌袋正常，开袋后有酸臭味，这是灭菌不彻底造成的细菌污染。解决方法是：高压灭菌时冷气放干净，当压力达到0.12兆帕，维持2小时以上，自然降压到0.05兆帕时，打开放气阀放气，压力降到零时再出锅；常压锅灭菌加热至100℃后维持8～10小时，自然冷却后出锅。
2、接菌操作不严格造成杂菌污染。目前接菌方法很多，有接种箱接菌、离子风接菌器接菌、酒精灯接菌、电热风接菌、蒸汽接菌等。不管使用哪种方法接菌，都应在无菌条件下严格操作。首先接菌室应提前薰蒸，接菌前紫外线灯杀菌半小时，再用来苏水喷雾降尘。
四、养菌室温度过高
温度过高易造成黑木耳菌丝体自溶出黄水，使菌丝体抗病性减弱，造成出耳期杂菌污染，易烂耳，直接影响产量。黑木耳菌丝体生长最适温度为27.5℃，如果养菌室内温度超过27.5℃，由于菌丝体自身产生的生物热，会使菌袋内温度升高3℃左右，特别是上层架子中间的菌袋温度会更高，所以培养菌室内温度最好控制在25℃以下。
五、培养菌室内湿度过大由于培养菌室内温度较高，如果湿度再过大，霉菌在高温、高湿条件下繁殖过快，使培养菌室内霉菌系数过大。随着时间的推移，菌种袋口棉塞变潮，霉菌在棉塞上生长繁殖，之后浸染到菌种袋内，造成大量的霉菌污染，所以培养菌室内应干燥。
六、催耳期温、湿度过高通风不良
目前代料栽培黑木耳催耳期一般都采用在菌袋上先盖一层塑料膜，膜上再盖上草帘催耳。由于塑料膜内湿度大，如果温度高，杂菌易污染割口处，当温度超过20℃时，应把塑料膜四周卷起，加强通风换气，特别是气温升高时，最好夜间将草帘和塑料膜去掉，白天再盖上。
七、苔藓对黑木耳的危害
苔藓生长在潮湿的环境，对黑木耳危害很大。防治方法是：菌袋一定要装紧，防止菌袋脱壳，菌袋应袋口向上正立摆放，低排割口应稍往上一点，使低排割口与地面有一定距离。地面喷洒硫酸亚铁500倍溶液。
八、后期管理水分要适宜
当耳芽出齐后，应将草帘、塑料膜揭去，早、晚喷水，最好是微喷，喷雾状水，白天晴天不喷水，阴天白天可以喷水，雨天不喷水，天气炎热时，最好是晚上喷水，早晨少喷水或不喷水，白天由于气温高，耳片可能被晒成半干，或菌袋表面温度达到30℃以上，所以决对不能在天气炎热时喷水降温。晚上气温降低，再喷水，耳片继续生长，这样干湿交替的管理方法非常适合黑木耳的生长发育，同时避免了耳片水分大时，温度又过高引起的耳片红根、烂耳。
