平菇栽培中容易发生不同程度的杂菌污染。特别是在温度较高的季节，污染更为严重。大量施用杀菌药物防止杂菌污染，不仅增加成本，而且收效甚微，甚至导致药害。一些种菇户经过多年的实践，采用覆盖泥沙等方法治杂菌，不需施药，操作简便易行，效果十分显著，具体方法是：
大床栽培的平菇，如果料面零星发生杂菌，用浓的石灰浆涂抹或覆盖污染处，即可控制杂菌。如果大量产生杂菌，可以挖取地表30厘米以下的河泥沙或黄泥沙，打碎后加入2％的石灰粉拌和均匀，在料面污染部位覆盖2-3厘米厚的泥沙，覆盖面积要略大于污染面积。料面严重污染时，应在整个料面上覆盖泥沙。
袋栽平菇被杂菌污染后，将被杂菌污染的菌袋拣出，选地势较高的地方挖一个60厘米的土坑，将菌袋污染部位朝下放入坑内。菌袋之间相互距离5厘米，填土隔离，在菌袋上覆盖25-30厘米厚的湿细土或湿泥沙。雨天覆盖薄膜坑内不能积水，过15-20天，集菌丝长好后，搬至菇场开袋出菇。
