在蘑菇的制种和栽培中，应保证菌种优良纯正，掌握和运用消毒、灭菌技术，严防杂菌污染。
一、无菌操作环节
1、接种室应保持清洁，用煤粉酚皂液擦洗台面及墙壁，定期用乳酸或甲醛熏蒸。每次使用前，均应用紫外灯灭菌；使用过程中，采用杀菌机，灭杀空气中的霉菌、枯草杆菌、沙门氏菌等杂菌。
2、进入接种室前，工作人员应先做好个人卫生工作，在缓冲间内要更换工作鞋帽、工作衣、戴口罩。工作衣、工作鞋、口罩只准在接种室内使用，并要定期更换、消毒。
3、接种的试管、三角瓶等应做好标记，注明培养基、菌种的名称、日期。移入接种室内的所有物品，均须在缓冲室用70%酒精擦拭干净。
4、接种前，双手采用自动感应手消毒器手部消毒，采用75%医用酒精作为消毒介质，流程为感应给皂机洗手—水龙头冲洗—感应式烘干—感应式手消毒；每隔60—90分钟对手部重新消毒一次，阻隔手部细菌的滋生及繁衍。
5、培养箱及接种工具应经常清洁消毒；操作过程不离开酒精灯火焰；棉塞不乱放；接种工具使用前后均需火焰灭菌。
二、空气消毒方法
1、紫外线消毒法，其杀菌机理可导致细胞内核酸和酶发生光化学反应，而使细胞死亡。另外，紫外线还可使空气中的氧气产生臭氧，臭氧具有杀菌作用。但对真菌效果差，只起辅助消毒作用，还需配合药物使用。由于紫外线对人体有伤害，不要在开启紫外灯的情况下工作。
2、臭氧发生器，能高效、快速杀灭空气中和物体表面各种微生物，接种成功率可达97%以上。对人体有伤害作用，不要在有人时工作。
3、动态空气消毒机，对车间内的空气进行消毒，保证食品安全。该消毒技术对车间消毒时，对人体没有任何危害，同时使受控环境保持在“无菌无尘”标准。
