当沼气池加入猪粪尿、青草等原材料后，经过一段时间的发酵，则要进行一次换料，换出的残渣和肥水，称为沼气池肥，也称沼气发酵残留物。由于沼气发酵是在密闭条件下进行嫌气分解，减少了氨态氮的损失，因此，保存了养料，提高了肥效。沼气池肥水经过充分发酵后，含有丰富的多种作物所需的营养物质，如氮、磷、钾，以及多种生物活性物质，如氨基酸、微量元素、植物生长刺激素、B族维生素和某些抗生素等，是一种速效的优质肥料。根据测定，一个10立方米的沼气池，每年可出肥料3～4次，平均出肥1.8万公斤，个别沼气池一年可出肥料2.5～3万公斤。
一、施用效果
目前，经沼气池发酵后的残留物已不断被广泛进行综合利用，如：应用于种植业、改良土壤、种食用菌、养鱼、养猪、防治农作物病虫害、浸种等。沼气池肥应用于水果种植具有如下三方面好处：
1、提高产量，改善品质。沼气发酵残留物做肥料，已先后应用于水稻、玉米、花生、甘蔗、西瓜、枇杷、沙田柚、柑桔、苦瓜等作物的种植，可使农作物平均增产10％～30％。在水果种植方面，沼肥培育柑桔树势茂盛，叶色浓绿，病虫害明显减少，果实味道纯正，比施用化肥的可增产20％～30％。柑桔叶面喷施沼液可提高产量，有效提高果树抗寒防冻能力，同时提高座果率，防治病虫害，减少农药、化肥用量。沙田柚施用沼肥，酸度降低，果肉可食率和糖分明显提高。施用沼肥种植西瓜，与施化肥对比，亩施沼肥3000公斤可增产360公斤左右，差异极显著，同时西瓜甜度提高，瓜地连续使用3年沼肥，能有效防治西瓜枯萎病；水稻施用沼肥做基肥，每施2000公斤可取代50％的化肥，可增产7％；甘蔗地单施沼肥8000公斤/亩，与单施化肥相比，可增产21.9％，平均株高增加9.02％。
2、改良土壤。长期使用沼气池肥，可以疏松土壤，有利于土壤微生物的活动和土壤团粒结构的形成，增加土壤有机质含量，丰富土壤氮、磷、钾养分，激活土壤中的微量元素和微生物。实践证明，沼气池肥既是优质的有机肥料，又是良好的土壤改良剂。
3、防治病虫害。沼气发酵液既可以叶面喷施，也可以浸种，达到防治病虫害的目的；和某些化学农药配合施用，既可减少农药的用量，又比单施化学农药具有更好的效果。
二、施用方法
1、作追肥淋施。亩用沼液1500～2500公斤，田间湿润时可直接施用，干旱时需兑水施用，比例为1：1，以防烂种或烧苗。
2、作基肥深施。沼气池渣可直接作基肥施用，也可与草皮土、过磷酸钙(或磷矿粉)混合均匀，堆沤1～1.5个月后作基肥施用，混合比例为10：10：1。施用后覆土5～10厘米厚。
3、作追肥叶面喷施。用正常产气1个月以上的沼气池液，澄清、用双层纱布过滤后即可喷施，过滤目的是防止堵塞喷雾器。喷施浓度应根据沼液浓度、作物时期、季节、气温而定，原则是：苗期兑水1～2倍，气温高兑水1倍，气温低、老叶可不兑水。选择晴天下午每隔7～10天喷施一次，亩用沼液40公斤。喷施时以叶背面为主，以利吸收。
三、注意事项
1、沼渣出池后不能立即施用。沼渣的还原性较强，若出池后立即施用会与作物争夺土壤中的氧气，影响种子发芽和根系发育，导致作物叶片发黄、萎蔫。因此，出池后一般应先在储粪池中存放5～7天才能施用，若与磷肥按10：1的比例混合堆沤5～7天后施用，效果更佳。
2、沼液不兑水不能直接施用。沼液作追肥尤其是追施幼苗时一般要先兑水，否则会灼伤作物。
3、沼渣不能表土撒施。沼渣施于旱地作物宜采用打穴或开沟，然后盖土，施于水田均匀撒施田面后犁翻入底层。
4、不能过量施用。施用量一般要少于普通猪粪肥，若盲目大量施用会导致作物徒长造成减产。
5、不能与草木灰、石灰等碱性肥料混合施用，否则会降低肥效。
