一、常见病害
1、芹菜软腐病：该病多发生在芹菜移栽缓苗期或缓苗后的生长初期。一般先从柔嫩多汁的叶柄基部开始发病。发病初期，病斑淡褐色，水渍状，纺锤形或不规则形，稍凹陷，迅速扩展后内部组织呈黑褐色腐烂，有恶臭，最后仅残留表皮。
2、芹菜心腐病：病原菌主要随病残体在土壤越冬。定植时，病原菌从芹菜伤口侵入引起发病。低于12℃，高于36℃均能发病，最适温度27-30℃。病原菌通过昆虫、降水、灌溉及各种农事操作传播。
3、芹菜斑枯病：该病主要危害叶片，也可危害叶柄和茎。叶片上初生淡褐色油浸状小斑，边缘明显，后扩大为圆形，边缘褐色，中央淡褐色到灰白色，病斑上生许多小黑点，病斑外有黄色晕圈。低温高湿有利于病害发生和流行，气温20~C～25℃，潮湿多雨的天气发病重。
4、芹菜早疫病：又称斑点病。苗期到成株期均可发生，主要危害叶片，叶柄和茎也可受害。叶上初期产生黄绿色水浸状斑点，发展为圆形或不规则形灰褐色病斑。叶柄及茎上初期为水浸状斑点，后变为灰褐色，椭圆形，稍凹陷病斑。高温、高湿、多雨发病重。
5、芹菜菌核病：芹菜全生育期均可发病，危害芹菜叶柄和叶。受害部初期呈褐色水渍状，后变软腐烂，病部生白色菌丝，后期形成黑色鼠粪状菌核。低温、高湿、多雨、种植过密易于发病。
二、综合防治
1、选用抗病、耐病品种如“津南实芹1号”“美国西芹”“夏芹”等。
2、种子处理无病株采种，播种前用48~C的温水浸种30分钟，可有效杀死种子上的病原菌。浸种时不断搅动使之均匀受热，然后将种子投入冷水中冷却，晾干播种。3．农业防治实行2年以上轮作，可减少病原菌的积累，减轻病情；及时清除病残体，合理密植，增加通风透光度；合理施肥，施足底肥并增施磷钾肥和硼肥，培育健壮植株以提高抗病力；合理灌溉，不大水漫灌。4．药剂防治发现病株立即拔除并用药剂控制，防止蔓延。一般每7天-10天施药1次，连续用药2次—3次。对斑枯病用3％农抗120水剂100倍液、75％百菌清可湿性粉剂600倍液、或70％甲基托布津可湿性粉剂800倍液等防治；对早疫病用77％可杀得500倍液、3％农抗120水剂100倍液、或50％多菌灵可湿性粉剂500倍液等防治；对菌核病用50％速克灵可湿性粉剂1500倍液、50％农利灵1000倍液、或50％菌核净1000倍液喷雾防治；对软腐病和心腐病，在发病初期喷洒72％农用链霉素或新植霉素3000倍—4000倍液，或用14％络氨铜水剂300倍液、或30％DT胶悬剂500倍液喷雾防治。
