在有机蔬菜生产中，允许使用的肥料种类有：按有机农业生产标准要求，经高温发酵无害化处理后的农家肥，如堆肥、厩肥、沼肥、作物秸秆、泥肥、饼肥等；生物菌肥，如腐殖酸类肥料、根瘤菌肥料、复合微生物肥料等；绿肥，如草木樨、紫云英、紫花苜蓿等；草木灰等；腐熟的蘑菇培养废料和蚯蚓培养基质；矿物质肥，包括钾矿粉、磷矿粉、氯化钙等物质。另外，还包括通过了有机认证机构认证的有机专用肥和部分微生物肥料等。
叶面施用的肥料有腐殖酸肥、微生物菌肥及其他生物叶面专用肥等。
有机蔬菜生产中不允许使用化学合成的肥料；有机蔬菜种植应限制使用人粪尿。
