灭菌是栽培香菇过程中一个极其重要的环节，关系到栽培的成败。
首先，在香菇拌料前，要静心检查灭菌灶的密封程度、火焰燃烧程度以及排冷空气是否通畅。其次，装袋结束后，要立即进袋，按照每灶装料3吨的量，将料袋码放整齐。同时灭菌锅内要加足水。第三，料袋进灶结束，随即封闭料堆，点火升温。点火后，要将风机调到最大，采取大火猛烧的方法，争取用4-5个小时将料袋的温度升至100℃，然后进入保持阶段。在保持阶段，要采取小火慢烧的方法，将料温保持在100℃。若采用宽15-17厘米的料袋，保持100℃的时间应不少于16个小时；若采用宽24厘米的料袋，保持100℃的时间应不少于24个小时。在保持阶段，注意加水与火的关系，加水时要大火烧，保证温度不降低，绝对不能出现由于一次加水过多，而使灶内温度长时间偏低的现象。达到时间停火后，应闷料12个小时，利用灶内的余热继续灭菌。
