1、灼伤根系。农家肥大多来源于动物粪便，富含大量的有机质。这些有机肥未腐熟时其养分状态是缓效性的，不能被果树根系直接吸收和利用，如果将其施入，在地下腐熟过程中，由于反硝化作用的加强，易产生热量造成根部灼伤（俗称“烧根”）引发根腐病。
2、营养释放与树体需肥不同步。秋季施入未经腐熟的有机肥后，由于秋冬季土壤温度低，再加上和果
园土层混合，这些有机肥在地下腐熟需要较长时间，在3年前施入生粪而后未施有机肥的果园掘土调查，发现仍有部分生粪处在原来状态。第二年春季，地温虽然上去了，但北方苹果主产区春季雨水偏少，施入的有机肥腐熟速度仍然很慢，此时树体需要大量的营养物质来供给母体开花结果，而缓慢腐熟的有机肥所释放出的有限的有机营养根本无法满足树体的需要。同时，在腐熟过程中微生物还会消耗掉一部分果树根系土壤中原有的营养元素（如氮肥），树体往往表现营养不良。当进入第二年夏秋季后，随着雨量增加，地温快速上升，上年未经腐熟的有机肥腐熟速度明显加快，释放出更多的可被树体吸收的有机营养物质，导致树体生长加快，大量冒条，果实着色不良，营养生长过剩，花芽分化能力差，使大量的有机营养物质白白浪费，树体营养供给失调。
3、极易招惹地下越冬的害虫。未经腐熟的有机肥由于含有大量的动物性有机质，故而成为许多果树害虫的理想越冬场所，特别容易招惹危害果树的各类金龟子（蛴螬）、桃小食心虫、尺蠖、舟形毛虫、梨花网蝽等，对来年虫害防治极为不利。
