近年来，在嫁接黄瓜生产中根腐病发生较重，影响了黄瓜的产量和效益。嫁接黄瓜根腐病多发生在利用黑籽南瓜嫁接的黄瓜生产田中，在黄瓜开始采收前生长正常，黄瓜开始采收后开始发病。
用作砧木的黑籽南瓜茎基部发生水浸状变褐腐烂。发病轻的外部症状不明显，砧木和接穗的维管束不变褐，但毛细根变褐腐烂，主根和支根一部分变为浅褐色至褐色，严重的根部全部变为褐色至深褐色，后毛细根基部发生纵裂。且在不整齐的纵裂中间产生灰白色的黑带状菌丝块，在根部细胞上可见密生的小黑点，是病原菌分生孢子器。接穗黄瓜发病进程缓慢，初期叶片失去活力，中午前后发生萎蔫，早晚或阴天尚可恢复。持续数日后，下部叶片枯黄，并逐渐向上扩展，侧枝和瓜条的发育受到抑制，致使全株死亡。
嫁接黄瓜根腐病由拟茎点霉真菌侵染所致。病菌发育适温24℃-28℃，最高32℃，最低8℃。病菌随病残体在土壤中越冬，翌年定植嫁接黄瓜易发病，地温15℃-30℃均可发病，20℃-25℃发病重。
嫁接黄瓜根腐病的防治方法：
1.搞好苗床消毒。在高温季节晴天密闭棚室，育苗床或育苗温室土壤覆盖塑料膜，利用太阳能高温闷杀进行土壤消毒，使床土在50℃左右的条件下处理10分钟，可杀灭土壤中大部分致病病菌，大大降低发病率；对发病重的地块或苗床可用多菌灵、敌克松或甲基托布津等，药和土按1∶10的比例配成药土，播种或定植前用药土进行土壤消毒处理，也可用绿亨1号(土菌消、恶霉灵)等药物进行床土处理。
2.加强管理，提高抗性。定植前测土配方施肥，增施有机肥。定植后，前期适当控制浇水，以提高地温，促进根系发育。结瓜后适当增加浇水次数并及时追肥，防止脱肥造成植株早衰。注意通风降湿。
3.选用抗病砧木品种。如河北省农林科学院经济作物研究所与唐山恒丰种业共同选育的绿洲天使、神根等黄籽南瓜砧木新品种。
4.用药防治。发病初期用50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液灌根，每棵灌药液250毫升。
