误区之一：在无公害农产品生产过程中不能施用化肥。这个认识是片面的。植物生长所必需的各种营养元素，除大气、水、土壤提供的之外，其余的要靠施肥来提供。《无公害农产品（食品）产品安全标准》要求的无公害农产品（食品）粮食安全指标中，与施肥有关的指标仅仅是要控制亚硝酸盐和铜的含量，其他如镉、铬、铅等安全指标基本上与施用化肥无关；同样，蔬菜、水果安全指标要求控制的与施用化肥有关的是硝酸盐、亚硝酸盐以及铜的含量，茶叶要控制铜的含量，淡水鱼、鲜蛋、肉类要控制亚硝酸盐的含量，其他如植物油、鲜奶、蜂蜜、食用菌安全指标涉及的内容也基本与施用化肥无关。当前农民常规施用的化肥主要是：氮肥、包括碳酸氢铵、尿素、硝酸铵、氨、氨水、硫酸铵、氯化铵、硝酸钙、石灰氮、硝酸钠、硝酸铵钙等；磷肥，包括普通过磷酸钙、粒状过磷酸钙、重过磷酸钙、沉淀磷肥、钢渣磷肥、钙镁磷肥、脱氟磷肥、磷矿粉肥等；钾肥，包括氯化钾、硫酸钾、窑灰钾肥、钾镁盐、光囟石等；复合肥，除混合肥外，磷酸一铵、磷酸二铵、硝酸磷肥、硝磷铵、硫磷铵、聚磷酸铵、偏磷铵、焦磷酸三铵、尿磷铵、磷酸二氢钾、聚磷酸钾、焦磷酸钾钙、钾硝石、硝磷钾等；中量元素包括硫酸镁、氯化镁、含硫的大量元素肥料、含钙的大量元素肥料；微量元素肥料主要有硫酸锌、氯化锌、硼酸、硼砂、钼酸铵、钼酸钠、硫酸锰、氯化锰、硫酸铜、硫酸亚铁、螯合铁等。这些肥料只要达到国标或行业、企业所规定的标准，常规使用时，有毒有害物质如重金属等均不会影响无公害农产品的质量。因此，只要控制氮肥和铜肥的用量，在无公害农产品生产过程中化肥不仅是可以施用的，而且是必须施用的，因为大多数营养元素的缺乏会使农产品品质下降，而每一种营养元素的缺乏都会影响植物的生长和作物的产量。
误区之二：施用有机肥多多益善。一般来讲可以这样认为，但存在片面性，关键是有机肥的质量是否符合要求。具体来说，特别是以生活垃圾、污泥、畜禽粪便等为主要有机肥原料生产的商品有机肥或有机无机肥，其重金属含量有可能超标。因此江苏省无公害农产品生产技术规范中要求这一类商品有机肥或有机无机肥，每年每亩施用量不得超过200公斤，而且其中主要重金属（砷、镉、铅）含量要控制在一定的指标。但是，没受污染的堆肥、沤肥、厩肥、沼气肥、绿肥等可以放心地大量施用。
误区之三：只要合理使用肥料和农药，生产出的农产品就能达到无公害农产品标准。其实不然，因为农作物的生长环境是农产品能否达到无公害标准的基础。如果农田灌溉水的质量达不到要求，土壤中重金属或残留农药超标，大气环境质量恶劣，农产品的质量就绝不能达到无公害农产品的标准。只有切断污染源，净化空气和水，改良土壤环境，才能生产出达标的无公害农产品。
