防潮湿任何化学肥料都应贮存在干燥阴凉的房内，否则会引起吸湿潮解，降低肥效，还会使化肥结块，施用不便，如过磷酸钙在贮存不当时，不仅出现吸湿结块现象，而且引起磷酸肥降低有效性。
防肥料混放不同种类的肥料要分别堆放，不要混堆和散包，以防不同品种肥料相互作用，引起化学变化，损失养分，特别是碱性肥料不宜与铵态氮肥和过磷酸钙混堆在一起。同时，注意不要磨损肥料袋上的标签，以免混杂和错用。
防火与水具有燃烧性的硝酸盐肥料，如硝酸钾、硝酸钠等不和锯木屑、硫磺等易燃物存放在一起。不能在存放上述肥料的房间内抽烟点火，以防火灾，化肥绝大部分都是可溶性的，所以，贮肥的房间要防漏雨，以免造成肥料的淋湿。
防腐和毒有的化肥有腐蚀性或毒性。如石灰氮对人畜有毒，搬运、施用时，应站在上风，最好戴上口罩和风镜。又如过磷酸钙含有一定的游离酸，具有腐蚀性，不可用布袋、铁器贮存，一般应放在干燥的地方或在瓦缸、木桶内贮存。
