酵素菌技术应用于种植业，主要是制成各种酵素菌肥料。按其用途可以分为：酵素菌堆肥和作物重茬专用肥（土曲子）、酵素菌粒状肥和液体肥、酵素菌叶面喷肥三大类，也称为酵素菌技术的三大支柱。
酵素菌堆肥通常用作基肥，施入土壤后，能够控制土壤的各种病害传播，克服作物的重茬病害，并能产生大量的腐殖质，改善土壤的理化性状；能够增强土壤的保水保肥能力，提高地温3-5℃，对各种保护地栽培的作物十分有利。
作物重茬粒状肥（土曲子）是一种土壤活化剂和杀菌剂，不但能培肥地力，还能产生大量抗菌素，起到杀菌灭虫作用，能解决作物的重茬（烂根）问题。果园和蔬菜地使用后，会大大减少病虫害的发生，一般用作基肥。
酵素菌粒状肥包括高级粒状肥、磷酸粒状肥和鸡粪粒状肥。高级粒状肥可以取代化肥，能够促进作物生长，改善农产品品质，适宜于以生食为主的蔬菜和水果，还可用作高档花卉和盆景的追肥，它既能作基肥，又能作追肥。磷酸粒状肥能有效地提高磷肥利用率，增强作物长势，适宜于以果实和根茎为主的作物，也可用作普通花卉追肥。利用该肥培育的幼苗，根系发达、抗逆性强，定植后缓苗快，最好作基肥使用，部分可用追肥。鸡粪粒状肥能为作物提供丰富的氮源，大大减少病虫害，有利于作物生长，它大部分用作基肥，小部分用作追肥。
酵素菌流体肥主要是天惠绿肥。施入土壤后，能促进作物根系生长，增强根的活力，特别是重茬地或者是土壤板结、病虫害严重的地块，施用后效果尤为显著。
酵素菌叶面喷肥又称黑砂糖农药。主要是由碳水化合物的淀粉组成，经发酵作用产生葡萄糖。这种葡萄糖很活泼，渗透力很强，可能透过作物表面细胞进入深层细胞，从而改善农产品品质，施用后，可以克服过量氮引起的植株障碍，促进光合作用，消除由于不良天气对作物造成的减产或病害流行。
