由于土传病原菌存在于土壤中，所以一般选择药剂灌根和拌土两种防治方法。
灌根处理
灌根是将农药药液施于土壤表面或是浅层，通过渗漏到达一定的土层深处后发挥药效。灌药处理时药剂到达土壤的深度和量是有一定限度的。此外，灌根一般在根基部的一侧，不能有效地对根进行全面的保护。由于灌根浓度梯度的存在，最需要药剂发挥效力的深度，药剂含量较少，而对病害控制起次要作用的表层，药剂含量却较多，并且表层还会有药剂沉积，使药效不能有效发挥。
拌药处理
拌药是将农药与土壤以一定的比例均匀混合后进行播种或定植，具有以下特点：
第一，农药在土壤中均匀分散，能达到局部土壤消毒的效果，杀死植株根部周围土壤中的病原菌，使根系得到保护。并且，药剂以微小的颗粒分散于土壤中，缓慢向周围溶解释放，持续保护植株，持效时间长，这一点是土壤消毒所不具备的。
第二，拌药同样也能达到种子处理的效果，种子萌发后，药剂会被吸收，对幼苗起到保护作用。但种子处理药剂附着量有限，用药量太大易伤害幼苗，拌药的药剂以微小颗粒分布在种子周围较大的空间，其用药量不会受限制，也不易对幼苗造成伤害。
第三，拌土用药剂的微小颗粒均匀分布在植株根部周围的土壤中，可以给种子萌发后幼苗根部各个部位提供较为全面的保护，这也是种子处理所不及的。
对比结论
要达到同样的防效，两种土壤处理方式必须在某个垂直深度（病原菌分布集中）药剂浓度相同。拌土较灌根施药有以下几个优点：
①拌土施药，由于不存在浓度梯度，用药量会远远少于灌根施药，如果土壤黏重，病原菌集中的土层较深，灌根施药可能达不到该土层，拌土施药防效则明显优于灌根；
②拌土可以给作物根部更全面的保护，有效减少病害发生；
③拌土施药有效地减少了局部农药浓度过大对幼苗造成的伤害；
④拌土的药剂均匀分散在土壤中，并有效减少了灌根的药剂在土壤表面的沉积，比灌根施药的农药利用率高。
因此，防治土传病害，拌土比灌根更为科学。
