以含有硼、锰、铜、锌、钼、铁等微量元素的物质作肥料称为微量元素肥料，如硼砂、硫酸铜等。
土壤中微量元素的含量，一般足够植物长期利用。微量元素供应不足，大多是因土壤条件的影响而使有效量缺乏。
一般缺乏微量元素的症状首先表现在新生组织上。施用微量元素肥料一定要在可靠诊断的基础上进行，施用浓度要慎重，过量可能导致苗木中毒等副作用。
1.硼肥。最常用的硼肥有硼砂和硼酸。硼砂和硼酸可作基肥、种肥和根外追肥。每亩用0.12～0.2公斤作基肥，肥效持续3～5年。作种肥用0.05%溶液浸种6～12小时。根外喷施的浓度，一般为每升水0.25～1.0克硼酸或0.5～2.0克硼砂，每亩喷液量约50～75公斤。由于硼在植物体内运转能力差，用于叶面喷雾时，至少要喷2～3次。
2.铁肥。常用铁肥为硫酸亚铁。为避免土壤固定，施用硫酸亚铁宜喷施，一般叶面喷雾浓度为0.05%～1%。
3.锌肥。常用的锌肥是硫酸锌，易溶于水。锌肥可用作基肥、种肥和追肥。作基肥，每亩0.75公斤，与生理酸性肥料混合，深施在根系附近。作种肥每斤种子用1～3克拌种。作根外追肥用0.5%～5%溶液喷施。
4.铜肥。常用的铜肥为硫酸铜。硫酸铜作基肥，一般用量每亩1～2公斤，每隔3～5年施用一次。作种肥，每0.5公斤种子用1～2克拌种或用浓度为0.01%～0.5%的溶液浸种。叶面喷施常用浓度为0.02%～0.04%。
5.锰肥。常用的锰肥有硫酸锰。作基肥、种肥、追肥皆宜。基肥每亩用2～2.5公斤，与生理酸性肥料混合后条施或穴施，有利于提高肥效。作种肥可用0.05%～0.1%溶液浸种12～24小时。根外施肥浓度为0.05%～0.1%喷施以苗期使用效果较好。
6.钼肥。常用钼肥为钼酸铵、钼酸钠。钼酸铵等水溶性钼肥通常用作种子处理和根外施肥。浸种浓度同锰肥。拌种用量一般每公斤种子2～6克。喷施浓度钼酸铵一般用0.01%～0.1%，每亩每次喷液50公斤左右。磷肥能明显促进植物对钼的吸收，可同时施用。
