大棚内空间及土壤的消毒灭菌在大棚使用前半月，于棚内地面喷施10%多百粉尘剂每亩1公斤，然后深翻地。严封大棚后，用45%百清烟剂每亩次1公斤熏烟。熏烟后封闭大棚7～10天高温焖棚。晴天中午前后棚温可达60℃～70℃以上，能有效消灭多种病菌和虫源。高温焖棚7～10天后通风降温，再用70%乙磷锰锌可湿性粉剂和58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂800倍液，对大棚内的地面、墙面和立柱支架的表面普遍喷洒一遍。
肥料的灭菌杀虫将要施入棚内的圈肥等有机肥，在施入前1～2个月加水调湿，堆积后加盖塑料薄膜，使其充分发酵腐熟后方可施用。
苗床土的消毒灭菌每平方米畦面用50%多菌灵或50%甲基托布津8～10克，加细干土10～15公斤拌匀，施药土前先把苗床畦浇足底水，水渗下后，取1/3药土均匀撒于床面作垫土。播种后再将其余2/3药土覆盖在种子上面，最后洒浇适量水，使床面保持湿润，以免发生药害。
种子的消毒灭菌用72.2%普力克力剂或25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液浸种半小时后催芽。为预防黄瓜细菌性病害，可选用100万单位硫酸链霉素500倍液浸种2小时。
