在播菜种时，先给菜种消毒，可以预防多种病害发生，同时还可以使菜种快速发芽。下面就介绍几种行之有效的消毒催芽方法：
温水浸种此法乃是打破种子休眠，促进种子发芽，灭菌防病，增强种子抗性的有效措施。浸种时水温和时间要适宜，并且浸种时间达到时要立即冷却。如番茄浸种水温为52℃，浸种时间为0.5小时；甜椒、黄瓜、茄子浸种温度为55℃，浸种时间为12分钟。浸种可预防番茄早疫、茄子褐纹病、甜椒炭疽病、黄瓜角斑病、芹菜斑枯病等。
热水烫种用一个盆盛种子，再取一个同样大小的盆备用，先将开水迅速倒入放有种子的盆里，紧接着把水和种子倒入空盆，这样反复地倒几次，10分钟后用冷水将种子冲凉。
硫酸铜溶液浸种用硫酸铜溶液浸种可预防辣椒炭疽病。先将辣椒种子放入冷水中浸泡6~8小时，然后再放入100倍的硫酸铜溶液中浸泡5分钟，浸泡完毕后将种子洗净催芽。
福尔马林溶液浸种用福尔马林溶液浸种可防治猝倒病、茄子褐纹病、番茄轮纹病。先将种子用100倍的福尔马林溶液浸泡15分钟，取出并用湿纱布包好，过2小时后洗净即可。
高锰酸钾溶液浸种用高锰酸钾溶液浸种可预防番茄花叶病毒病。播种前将番茄种子放入100倍的高锰酸钾溶液中浸泡。
干热消毒多用于番茄种子处理。先晒种，使其含水量降至7%，置于70℃~73℃的烘箱中烘烤4天，然后取出浸种催芽。
小苏打液浸种一般蔬菜种子表面都有一层黏液包裹，播前用1%的小苏打溶液浸种12~24小时，反复搓洗几遍，漂选干净就可除掉种子周围的黏液，以促进发芽快而整齐。
漂白粉泥浆灭菌将漂白粉对入泥浆中，漂白粉用量按每公斤种子用10%~20%的有效成分计算。泥浆用量以正好将种子拌匀为宜。把漂白粉、泥浆和种子混匀后，放入容器中封存16小时，能有效地杀灭白菜、芹菜、萝卜等种子上的黑腐病病菌。
氢氧化钠浸种用清水将菜种浸4小时，后置于2%的氢氧化钠溶液里15分钟，再用清水冲洗、晾18小时。此法能杀灭菜种内外大部分病毒和真菌，预防蔬菜病毒、炭疽病、角斑病和早、晚疫病等。
白酒浸种采用白酒浸泡蔬菜种子后播种，出芽快而整齐。特别是对种皮较厚、发芽率底的瓜果及豆类种子，用白酒浸种后效果尤为明显，不但能极大地提高发芽率，还能起到灭菌消毒的作用。具体方法：将50克白酒与50克水混合好，把所用菜种放入酒液中浸泡10分钟后捞出，即可直接播种了。
