肉眼检查（简称目检）是诊断鱼病的主要方法之一。用肉眼找出病鱼患病部位的各种特征或一些肉眼可见的病原生物，从而诊断鱼患了什么病。（通过目检可对病鱼有了大致的初判断或排除了某种疾病，然后再结合镜检、水质检测、实地观察、问询等得出结论，对症下药）
对鱼体进行目检的部位和顺序是体表、鳃和内脏。
1、体表：对头部（发黑，说明肠炎或烂鳃；白头白嘴，车轮虫或细菌性疾病）、嘴（口腔是否充血，是否有锚头鳋）、鳃盖（开天窗-烂鳃，是否充血）、鳞片（掉落，可能是赤皮；上面是否有锚头鳋；鳞片竖起，竖鳞病或寄生虫）、鳍条（是否腐烂；鳍条基部是否充血；是否有孢囊）进行仔细观察，看是否有大型病原微生物及患病部位的特征症状，并把观察到的症状联系起来加以综合分析。（体表有出血症状，病毒性或细菌性出血，或者应激性出血；体表有隆起，肤孢子虫或疥疮病）。
小草鱼病毒性出血病（鼓眼、口腔出血）
2、鳃：鳃部的检查，重点是鳃丝。首先应注意鳃盖是否张开，然后用剪刀剪去鳃盖，观察鳃片的颜色是否正常，黏液是否较多，鳃丝末端是否肿大和腐烂现象。（车轮虫、指环虫、鳃隐鞭虫、斜管虫、中华鳋、小瓜虫等寄生虫；寄生虫性或细菌性烂鳃；鳃霉；鳃出血；大红鳃）。
烂鳃，鳃部腐烂、挂脏
3、内脏：内脏检查以肠道为主。将病鱼一边的肠壁剪开，先观察是否有腹水和肉眼可见的寄生虫（如线虫、双线绦虫等）；其次，应仔细观察各内脏的外表，看是否正常；最后，用剪刀把咽喉部的前场和肛门部位的后肠肠道剪断，取出内脏，把肝、脾、胆和鳔等器官逐个分开，再把肠道从前肠至后肠剪开，分成前、中、后三段。把肠道中的食物、粪便除去，仔细观察肠道中是否有线虫、绦虫等。肠壁上是否有粘孢子虫孢囊或球虫，若有则肠壁上会有成片或稀散的小白点。肠壁是否充血、发炎、溃烂等。（肝脏发黄、发绿、发白、肿大等，肝胆综合症；腹腔有结节，诺卡氏菌病；肠道充血发红，病毒性或细菌性肠炎，根据肠道韧性及其他症状综合判断；绦虫；肠袋虫，借助镜检）。
肝胆综合症，肝脏变黄，变脆
在目检中，应做到认真检查，全面分析，并做好记录，为诊断鱼病提供正确的依据，也为以后的诊断工作积累资料。另外，还要注意，目检要取将死未死或刚死不久的新鲜病鱼来检查。否则，如组织腐烂、炎症消退、病原解体，则较难做出诊断。
