黄鳝的运输方法目前常见的有干运、水运和尼龙袋充氧运输3种：
1、干运
是指运输过程中不带水的运输方法，多用于小批量短距离的运输，运输时间一般在24小时以内。
运输工具有竹篓、木箱、木桶、塑料桶、铁皮桶（箱）、蒲包、麻袋和纺织袋等，可根据运输量和载运动力工具等情况灵活选用。运输时必须在容器底部铺上一层湿草或湿蒲包，以利黄鳝能保持湿润，装载量不宜过大，以防闷死或压死，一般堆装厚度为20～25厘米。在桶（或箱）盖的四周开一些小孔，便于通风换气。运输途中要做好降温、保湿、防挤压等工作，一般每3～4小时淋水1次，夏季运输要避免阳光直射。
2、水运
带水运输适宜于大批量长途运输，常用的运输与其他鱼类运输工具相同，只是用于黄鳝运输的工具必须注意2点：一是容器内要有一定的空间，让黄鳝能将头伸出水面呼吸；二是必须搞好防逃设施。最可靠的水运工具是活水船。无论采用何种运输工具，运输前都要将容器清洗干净，黄鳝和水各为50%，装载黄鳝后水面的高度达到容器高度的2/3处。在运输途中，要经常观察黄鳝的活动情况，适时更换新水，换水时要注意新水和陈水间的温差不能太大，一般不能超过±3℃。
3、尼龙袋充氧运输
尼龙袋充氧运输特别适用于飞机、火车等长距离运输，具有便于堆放、运输途中管理简单、能大批量运输等优点。尼龙袋规格可根据情况自行选定，但必须用双层袋。一个规格为70厘米×40厘米的尼龙袋可装运活鳝10千克，袋中加水量与活鳝重量相同。
在高温季节运输时若水温过高，装运前需采用“三级降温法”将活鳝的体温和水温都降到10℃左右。具体做法是：将鳝鱼从水温25℃以上的暂养池中捕出，放在18～20℃的水中暂养20～30分钟，然后将鳝捞出，转放到水温14～15℃水中暂养5～10分钟，最后再将鳝鱼转到8～12℃水中暂养5分钟左右即可装袋、充氧、封口，并将尼龙袋放入纸箱包装，包装时，每箱竖装2袋。为防止运输途中温度上升，应在纸箱四角放上4个小冰袋，为防止尼龙袋漏水，箱内应配尼龙衬袋1个，冰袋和活鳝袋之间用衬板隔开，然后打包待运。尼龙袋充氧运输成活率高，在24小时内到达者，一般不会发生死亡，是目前最科学的运输方法。
