畜禽生产过程中的粪、尿、胎衣，孵化场的死胎及蛋壳、用过的疫苗等废弃物，是造成环境污染和传播疾病的主要媒介，必须及时处理，一般处理方法如下：
一、畜禽粪、尿的处理 畜禽粪、尿采取物理和化学的方法进行分级处理，先用固液分离机和沉淀池除去畜禽场污水中的固体成分；再采用厌氧发酵的方法处理降解部分有机物，杀灭部分病原微生物；最后用生化方法让需氧微生物进一步分解污水中的胶体和溶解有机物。鸡粪除用上述方法处理外，（www.nczfj.com）还可采用快速烘干法、高温高压真空干燥法、热喷膨化法、微波法处理。规模畜禽场应走农牧结合的道路，如畜、鱼结合，畜、果结合，既可综合利用解决污水问题，又能提高经济效益。
二、胎衣、病死畜禽的处理 为防止畜禽场内交叉感染和疾病的传播，病死畜禽经检验后要及时送化尸窖做无害化处理。胎衣、剪断的仔猪脐带也要及时收集送化尸窖处理。有条件的畜禽场可建焚尸炉，将病死畜禽、胎衣等焚烧。
三、死胎及蛋壳的处理 家禽孵化过程中产生的废弃物如死胚、蛋壳等，应做到无菌、无害化处理，可高温消毒干燥粉碎后用于饲料加工，不得随意处理，以免造成疾病传播。
四、用过的疫苗或废弃疫苗的处理 用过的疫苗、使用时余下的疫苗、废弃疫苗要及时深埋或煮沸处理。因为这些疫苗内仍残留有制苗细菌或病毒，如散落在养殖场内，会干扰畜禽的正常免疫，引起免疫失败，也存在着制菌菌（苗）株返祖的危险。
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