微生物肥料是生物活性肥料，施用方法比化肥、有机肥严格，有特定的施用要求；使用时要注意施用条件，选择适宜于本地区相应作物的微生物肥料，因为微生物肥料中的活菌发挥作用是有条件的，某一种微生物肥料并非适用于所有地区、所有土壤和所有作物。
总之，严格按照产品使用说明书使用，否则难以获得良好的使用效果。施用中应注意以下几点。
1.微生物肥料对土壤条件要求相对比较严格，施入到土壤后，需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般15天后可以发挥作用，见到效果，而且可长期均衡地供给作物营养。
2.微生物肥料适宜施用时间是清晨和傍晚或无雨阴天，可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死。
3.微生物肥料应避免在高温干旱条件下使用。施用微生物肥料时要注意温、湿度的变化，在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖会受到影响，不能充分发挥其作用。要结合盖土浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
4.微生物肥料可以单独施用，也可以与其他肥料混合施用。但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的农家肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。
5.微生物肥料应避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物，不能用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物肥料。
6.微生物肥料不宜久放，拆包后要及时施用，因为包装袋打开后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。
7.由于微生物肥料是由活的微生物起决定作用，所以必须在有效期内使用。
