大棚蔬菜苗期沤根是一种生理性病害，大多由于管理不当所引起。初发时根部出现锈斑，严重时根部腐烂，不长新根，幼苗变黄萎蔫，后期全部死亡。其预防措施主要有：
1.保持温度。床土配制要合理，播后至苗期应保证足够的土温。如遇阴雨天光照不足时，应采取增温保温措施。冬季育苗最好在棚内采用电热温床育苗。
2.及时排湿。冬季保护地育苗时，一般苗床不明显干旱(表土手握不散团)时不浇水，应尽量少浇水或不浇水；明显干旱时浇水量也不宜过大。如果苗床过干，可覆盖湿润细土。苗床内湿度过大，可覆盖干草木灰，也可在气温较高的中午适当通风排湿。
3.增加光照。要选择光照充足的地方建苗床，这样有利于幼苗健壮生长发育，增强其抗病能力，减轻蔬菜苗期沤根的发生或蔓延。
4.施农家肥。育苗要增施农家肥，尤其是热性肥，既可培肥地力，培育壮苗，又可提高地温，减轻病害发生。
5.施用生根剂。用生根剂喷洒营养土或苗床后播种，可促进种子萌发，出苗一致，促进主根伸长、加粗，侧根发生多，增强根系活力和吸收强度，避免烂根，形成壮苗。
