大棚蔬菜苗期沤根是一种生理性病害，大多由于管理不当所引起。初发时根部出现锈斑，严重时根部腐烂，不长新根，幼苗变黄萎蔫，后期全部死亡。
保持适当温度床土配制要合理，播后至苗期应保证足够的土温。如遇阴雨天，光照不足时，应采取增温保温措施。早春育苗最好在棚(室)内采用电热温床进行育苗，以利于保温。
及时降低湿度在大棚或温室等保护地育苗时，一般苗床不明显干旱(表土手握不散团)时不浇水，应尽量少浇水或不浇水；明显干旱时浇水量也不宜过大。苗床内做到宁干勿湿，如果苗床过干，可覆盖湿润细土，这样既可缓解幼苗对水分的需求，又能降低苗床内的空气湿度，床内湿度过大，可覆盖干草木灰，也可在气温较高的中午适当进行通风排湿。
注意增加光照育苗前，要选择光照充足的地方建苗床。这样有利于幼苗健壮生长发育，增强其抗病能力，减轻蔬菜苗期沤根的发生或蔓延。
施足农家肥蔬菜育苗，要增施农家肥，尤其是热性肥，既可培肥地力，培育壮苗，提高蔬菜幼苗抗病能力，又可提高地温，减轻病害发生，具体做法是：在蔬菜育苗前，将充分腐熟的热性农家肥捣碎与床土混拌。但必须用腐熟的热性农家肥，否则会造成烧根。
适时通风在子叶展开后，选择晴暖天气揭开覆盖物通风，并向苗床内均匀撒施一层细干土，随后盖严覆盖物，这样既可降低床土湿度，又有一定的增温作用。
