施肥对蔬菜的污染主要有两个途径：一是通过肥料中所含有的有害物质，如重金属、病原微生物、毒气等直接对蔬菜或土壤的污染；二是通过施入大量氮素肥料造成蔬菜体内硝酸盐的过量积累。为了减少施肥对蔬菜污染，在施肥上应注意以下几点：
重施有机肥有机肥不会导致蔬菜硝酸盐的累积，还能提高蔬菜的品质。有机肥最好是经高温堆沤或沼气发酵腐熟后施用，这样可杀死病菌和虫卵，减少农药的施用量，提高蔬菜的产量和品质。施用沼气肥生长的蔬菜，是最佳的无公害蔬菜。
不施或少施硝态氮肥硝态氮肥及含有硝态氮的复合肥，容易使蔬菜积累硝酸盐，所以不宜在蔬菜上使用，可选用铵态氮肥和酰铵态氮肥，如硫酸铵、碳酸氢铵、尿素等。
控制氮肥用量蔬菜中硝酸盐的累积随氮肥施用量的增加而增加。每亩施氮量应控制在30公斤内，其中70％～80％应用作基肥深施，20％～30％用作苗肥深施。
氮肥要早施深施氮肥作基肥或苗期追肥施用，有利于蔬菜早生快发，利于降低土壤和蔬菜体内硝酸盐的累积。氮肥深施到10～15厘米的土层中，可减少氮素的损失，提高氮肥利用率。在深层土壤，土壤空气处于嫌气条件，硝化作用缓慢，可减少蔬菜对硝酸盐的累积。
因地、因季节施肥肥力高，富含有机质的土壤，蔬菜易积累硝酸盐，应禁施或少施氮肥。低肥菜田，蔬菜积累的硝酸盐较轻，可施氮肥和有机肥以培肥地力。一般菜地，如采取测土平衡施肥，既有利于优质高产，又使蔬菜不易积累硝酸盐，还有利于培肥地力。夏秋季气温高，不利于积累硝酸盐，可适量施氮肥。冬春季气温低，光照弱，硝酸盐还原酶活性下降，容易积累硝酸盐，应不施或少施氮肥。
因菜施肥不同种类的蔬菜，吸收积累硝酸盐的程度不同，白菜类及绿叶菜类蔬菜容易积累硝酸盐，不能使用硝态氮肥；茄果类、果菜类和根菜类蔬菜，对硝酸盐积累较少，可适当施用，但在收获前15～30天应停止施用硝态氮肥。
叶菜类蔬菜切忌叶面喷施氮肥氮肥作叶面肥直接与空气接触，铵离子易变成硝酸根离子被叶子吸收，硝酸盐积累增加。因此，无公害叶菜类生产中应禁止叶面喷施氮肥，尤其是在收获前1个月不能叶面喷施氮肥。
不用污水浇灌污水浇灌蔬菜，易被污染。凡是工厂、矿山排出的污水，含有较多的氯、砷、锡、铅等有毒物质，应禁止用来浇菜。城市生活污水要做无害化处理，杀死病菌、虫卵后，与清水混合使用。
