种菇后的废料含有较多的病菌,一般不要施在棉花、西瓜田内,以免病害加重,但可以施在小麦、玉米、大豆等粮食作物田中。种菇时,为了调节菌料的酸碱度,一般都使用石灰水。但菇在生长过程中,对石灰水中钙离子吸收较少,因此在盐碱地中尽量少施,以避免碱性增加。由于种菇后的废料中含有较多的钙离子,而这些钙离子易和磷肥中的有效成分结合,形成不易被作物吸收的磷酸钙,造成磷的固定,使肥效降低。因此,种菇后的废料不能和磷肥混用。为了杀灭栽培料中的杂菌,常使用一些杀菌刑。由于这些杀菌剂在棉籽皮中有一定的残留,使用时不要和菌肥混合使用,以免降低菌肥的作用。
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