在无公害蔬菜生产中，允许使用的肥料类型和种类有：
1、优质有机肥。如堆肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆、泥肥、饼肥等。施用前应充分腐熟。
2、生物菌肥。包括腐殖酸类肥料、根瘤菌肥料、磷细菌肥料、复合微生物肥料等。
3、无机肥料。如硫酸铵、尿素、过磷酸钙、硫酸钾等既不含氯、又不含硝态氮的氮磷钾化肥，以及各地生产的蔬菜专用肥。
4、微量元素肥料。即以铜、铁、硼、锌、锰、钼等微量元素及有益元素为主配制的肥料。
5、其它肥料。如骨粉、氨基酸残渣、糖厂废料等。
为降低污染，充分发挥肥效，应实施测土配方平衡施肥，具体应包括肥料的品种和用量；基肥、追肥比例；追肥次数和时期；以及根据肥料特征采用的施肥方式。配方施肥是无公害蔬菜生产的基本施肥技术。
在实施化肥、蔬菜专用肥时要深施、早施，深施可以减少养分挥发，一般铵态氮施于6厘米以下上层，尿素施于10厘米以下上层，磷钾肥施于15厘米以下土层，蔬菜专用肥施于15厘米以下土层。不同类型的蔬菜，硝酸盐的累积程度有很大差异，一般是叶菜高于瓜菜，瓜菜高于果菜。另外，同一种蔬菜在不同气候条件下，硝酸盐含量也有差异，一般高温强光下，硝酸盐积累少。
