一、选用抗病品种。过去在温室内种植蔬菜大都选用以高产为主的品种，而今除高产外，还应选用抗病性强的品种。如津优2号黄瓜、利生8号西红柿、紫茄等。
二、增施农肥和磷钾肥。棚菜底肥应以农肥为主，一般100米长棚每年施15-20立方米农肥。如各种畜禽圈粪、杂草沤制的农肥均可。再根据栽培不同蔬菜配施一定量无公害的化肥，撒施后翻地2次做垄，为全层施肥。在生产期再根据需要施用氮、磷、钾肥。
三、使用自动地下暗渗灌水。棚菜栽培必须灌水才能高产。而灌水的方法不管是沟灌、滴灌或微喷灌，都是模仿自然的地面给水，这就造成棚内高湿而引发病害。而在棚内使用自动地下渗灌，地上没有水面蒸发，大大降低棚内湿度，就能很好控制各种因高湿引发的各种病虫害。地下渗灌设备，一般每100米长棚，一次安装费1000元，可用10年。
四、用增温降湿和高温排湿控制病害。在棚菜生产易发病期，早晨揭帘子后棚内高湿时，不能马上开通风口放风排湿，而是关闭所有通风口，让温度迅速升高来降湿。每当温度升高1-2℃，就可降低棚内相对湿度3%-5%。当棚内温度由15℃升到25℃时，湿度就可由早晨的90%-100%降到60%-70%。这种高温低湿不利于各种病害的发生，却非常有利蔬菜生长。近中午温度超过30℃后，突然打开通风口，会迅速排出棚内湿气，下午放大风排湿，使夜间干燥过夜，不利病菌繁殖。这是控制病害发生的有效措施。
五、采用嫁接苗增加抗病性。实践证明，黄瓜、茄子采用嫁接能提高抗病能力。特别对黄瓜的枯萎病（死秧子）和茄子的黄萎病，有较理想的防治效果。
六、高垄大行距栽培。黄瓜可用垄高0.3米，行距1米，单行的株行距。而茄果类可用垄高0.3米，1米双行的株行距，降低垄顶湿度，提高地温，加大通风透光度，减少人为造成的植株伤口，减少病菌侵入及病害发生。
七、适时适量叶面追肥。据资料表明，大部分病害发生与菜苗体内营养元素失调有关。适时适量叶面追肥，也是控制病害大发生的好办法。一般在果菜生产期，用15千克水加入尿素和磷酸二氢钾各50克，搅拌均匀后每6-7天叶面喷1次，能收到很好的抗病效果。
八、高温闷棚杀菌。大部分病原菌在30℃以上高温中活动减弱，40℃以上一定时间就可致死。而短时间高温、虽对菜苗不利，但影响不大，可利用二者对温度耐力不同，来保秧灭菌。高温闷棚常用在黄瓜的霜霉病和黑星病上。在闷棚前要灌透水，闷棚温度是45℃，时间为2小时。隔5-7天可再高温闷棚1次，以后每隔10-15天进行1次，也能很好地控制病害的发生。
九、土壤消毒及棚室灭菌。消灭病原菌，阻断传播源是控制病害大发生行之有效的办法。病菌传播又分土壤传播和地上设施及空气传播。阻断土壤传播的有效办法是在7-8月份的高温季节，棚内无蔬菜时，以每100米长棚用500千克稻草（切碎）再加入100千克石灰撒在地面后翻入土中，然后灌水泡田15-20天，并盖好棚膜或地膜、石灰遇水发热，再加翻入土中稻草腐烂发热和炎夏的高温，可使土壤耕层温度升到45-55℃，而潜入土中一些病菌，一般超过40℃在一定时间内都会死亡（石灰本身也有杀菌作用）。稻草腐烂后还可肥田，真是一举两得。附着在棚膜、硼架、墙和地面的病菌，可在定植前，棚内无任何生物时，每100米长棚，用硫磺粉2.5千克，拌入一倍量的干锯末，分4-5堆点燃，封闭棚24小时后，放风7天后定植或育苗，可杀死地面以上潜伏的病菌。
十、药物熏烟灭菌。当发现菜秧有病害发生时，可采用药物熏杀法来防治。目前广泛使用的有百菌清、速克灵、甲双灵、克星丹、细菌灵、敌敌喂等烟剂。这些烟雾用气味杀菌杀虫，而在菜上无药物残留，适时适量使用，能很好地控制病虫的发生，进而取得棚菜优质高产、高效。
