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衣藻的繁殖方式有无性和有性生殖两种类型，在适宜的环境中可进行无性生殖，无性生殖时，细胞常静止不动，鞭毛会慢慢的脱落，其内的原生质体会进行数次的有丝分裂，形成原生质体，然后形成游动孢子，之后孢子会被释放出来，在水中漂流，各自长大成1个新个体。
衣藻不像陆地植物一样会开花结果，有枝叶，它不可以进行播种、扦插、分株、叶插等繁殖，它的繁殖方式有无性和有性生殖两种类型，通常来说随时都可进行繁殖，但是在春季和秋季温暖的环境中，繁殖的速度快一些。
1、衣藻的无性生殖
衣藻在适宜的环境中可进行无性生殖，无性生殖时，细胞常静止不动，鞭毛会慢慢的脱落，其内的原生质体会进行数次的有丝分裂，形成2、4、8或16个子原生质体，然后各自形成游动孢子，之后孢子会被释放出来，在水中漂流，各自长大成1个新个体。
2、衣藻的有性生殖
衣藻进行有性生殖的时候也是先脱去鞭毛，原生质体经过数次分裂后，会产生带有鞭毛的细胞，叫做配子，它比游动孢子更小些，配子释放出来后，一对一对的配合，产生合子，合子分泌产生厚壁，在适宜的环境中萌发，形成一个个体。
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