鸡腿菇栽培过程中常出现一些异常问题，应针对其发生原因积极采取措施预防和补救。
头茬菇太密，转潮困难表现为头潮菇多、个体小，甚至成丛的菇蕾将覆土掀起，造成大批小菇因脱离料面死亡，难出二潮菇。这是由菌棒过密或过长，料层过厚引起的。防治对策：脱袋栽培时菌棒之间留3～5厘米的间隙，并用土将缝隙填实，或者将菌棒切成两段或横放出菇。
不在床面出菇床面出菇少而四周土埂出菇多。其诱因是覆土厚度不适宜，床土干而散，四周土层较潮湿。防治对策：覆土厚度不超过3厘米，含水量控制在20%～30%。
菌丝“冒土”菌丝徒长，冒出床面，甚至形成菌被。防治对策：在菌丝快长至床面时加强通风，使床土表面干燥，促进菌丝向生殖生长转化。如果是轻微冒菌丝，在加强通风的同时对床面撒草木灰即可；如菌丝形成菌被，需用刀划掉，挑掉菌块，然后喷大水，增强通风，床面补换细土。
大量发生“红头”菇菌盖鳞片呈铁锈色，但不深入菌肉，不影响生长发育。其诱因是床料湿度和空气湿度过大，光线不适宜。防治对策：子实体出土后喷水必须结合通风，不喷关门水，以保持菇体表面无水和有适宜的光照强度。
发生“鸡爪”菇菇体从基部长出3～5个褐色分枝，形似鸡爪。主要由高温高湿，菌丝受土层杂菌侵染引起。防治对策：保持适宜的床料湿度和空气湿度，搞好环境卫生，覆土需灭菌后再使用。
