在平菇栽培中，常因环境污染严重、菇房消毒不严、菌种老化等原因，造成接种后培养料受到杂菌污染，严重的全部报废。针对这种情况，为了不浪费培养料，可采用以下两种方法对其进行处理：
一、巴氏灭菌法每100公斤污染料用石灰6～7公斤、25%的多菌灵400～500克，将污染料的含水量调为65%。拌匀后，尽可能地把污染料堆高，用茎粗4厘米的木棒在堆上垂直打孔至底部，每隔30～40厘米打一个孔。打完后，覆膜发酵，待料温升为60℃～70℃时翻堆。复堆后，按此法再翻堆两次，然后散堆降温，接入活力强的菌种。
二、常压灭菌法先将污染料晒干，然后按污染料100公斤、石灰3公斤、多菌灵300克来配料，将含水量调至60%，装袋后在常压下灭菌10～12小时，再闷12小时，待冷至常温时，接入菌种。接种后，培养室温度保持在15℃～20℃，35天左右菌丝即可满袋，40天出现菇蕾，再过4～5天就能收菇。发育时间比正常料晚5～7天，可收2～3潮菇。