保护地菠菜由于处于高湿和较高的温度条件下，极易发生叶霉病。该病主要危害叶片，最初在叶面上出现轮廓不明显的淡黄色斑点，随后扩大成近圆形或不规则形的黄褐色病斑。湿度大时，叶片病部背面长出灰白色渐转灰色至黑褐色绒状霉层，条件适合时，叶片正面也长出霉层，最后病叶逐渐卷曲或枯死。一般从植株下部叶片逐渐向上蔓延，至整株发病。
防治要点种子用52℃温水恒温浸种25分钟，减少初浸染源。避免菠菜连作，合理密植，加强田间管理，促进植株健壮生长，增强抗病力。定植前按每立方米空间用硫黄粉2克加锯末4~5克，密闭大棚后点燃熏烟24小时。发病初期，若遇阴雨天用45%百菌清烟剂每亩250克或于傍晚喷撒5%百菌清粉尘剂1公斤，加强通风排湿，摘去病叶、老叶，这是防治叶霉病的关键措施；晴天时可喷洒40%多硫悬浮剂800倍液，或50%多霉灵可湿性粉剂1000倍液。隔7~10天1次，连喷2~3次。
