平菇生产中要特别注重发菌阶段的管理，以下是经常出现的问题以及有经验的菇农总结的解决措施：
一、菌丝不萌发，不吃料
发生原因：料变质，孳生大量杂菌；培养料含水量过高或过低；菌种老化，生活力弱；环境温度过高或过低，加石灰过量，pH值偏高。
解决办法：使用新鲜无霉变的原料；使用适龄菌种（菌龄30-35天）；掌握适宜含水量，手紧握料指缝间有水珠不滴下为度；发菌期间棚温保持在20℃左右，料温25℃左右为宜，温度宁可稍低些，切勿过高，严防烧菌；培养料中添加石灰应适量，尤其气温较低时添加量不宜超过1%，pH值7-8为宜。
二、培养料酸臭
发生原因：发菌期间遇高温未及时散热降温，细菌大量繁殖，料发酵变酸，腐败变臭；料中水分过多，空气不足，厌氧发酵导致料腐烂发臭。
解决办法：将料倒出，摊开晾晒后添加适量新料再继续进行发酵，重新装袋接种；如料已腐烂变黑，只能废弃作肥料。
三、菌丝萎缩
发生原因：料袋堆垛太高，发酵时未及时倒垛散热，料温升高达35℃以上烧坏菌丝；料袋大，装料多，温度过高通风不良；料过湿装得太实，透气不好，菌丝缺氧也会出现菌丝萎缩现象。
解决办法：改善发菌场地环境，注意通风降温；料袋堆垛发菌，气温高时，堆放2-4层，呈“井”字形交叉排放，便于散热；料袋发酵放热期间及时倒垛散热；拌料时掌握好料水比，装袋时做到松紧适宜；装袋选用的薄膜筒宽度不应超过25厘米为好，避免装料过多发酵热过高。
四、袋壁布满豆渣样菌苔
发生原因：培养料含水量大，透气性差，引发酵母菌大量孳生，在袋膜上大量聚积，料内出现发酵酸味。
解决办法：用直径1厘米削尖的圆木棍在料袋两头往中间扎孔2-3个，深5-8厘米，以通气补氧，不久，袋内壁附着的酵母菌苔会逐渐自行消退，平菇菌丝就会继续生长。
五、霉菌污染
发生原因：培养料或菌种本身带菌；发菌场地卫生条件差或老菇房未作彻底消毒；菇棚高温高湿不通风。
解决办法：选用新鲜、无霉变、经暴晒的培养料，发酵要彻底；避开高温期播种，加强通风，防止潮湿闷热；选用优质、抗霉，吃料快的菌种；霉菌污染发现早，面积小时，可用pH值10以上的石灰水注入被污染的培养料，同时搬离发菌场，单独发菌管理。对污染严重的则清除出场，挖坑深埋处理。
六、发菌后期吃料缓慢，迟迟长不满袋
发生原因：袋两头扎口过紧，袋内空气不足，造成缺氧。
解决办法：解绳松动料袋扎口或刺孔通气。
七、软袋
一般袋料表面长有菌丝，但袋内菌丝少，且稀疏不紧密，菌袋软而无弹性。
发生原因：菌种退化或老化，生活力减弱；高温伤害了菌种；添加氮过多，料内细菌大量繁殖，抑制菌丝生长；培养料含水量大，氧气不足，影响菌丝向料内生长。
解决办法：使用健壮、优质的菌种；适温接种，防高温伤菌；培养料添加的氮素营养适量，切勿过多；发生软袋时，降低发菌温度，袋壁刺孔排湿透气，适当延长发菌时间，让菌丝往料内长足发透。
八、菌丝未满袋就出菇
发生原因：发菌场地光线过强，低温或昼夜温差过大刺激出菇。
解决办法：注意避光和夜间保温，提高发菌温度，改善发菌环境。
