防治蔬菜根结线虫病应采取以植物检疫、栽培措施为主药剂防治为辅的综合措施进行防治。
(1)在没有发生过根结线虫的地区，应当实行较严厉的检疫措施，将根结线虫限制在本地区以外。在已有根结线虫发生的地区，要尽可能地将其限制在疫区。做到不到疫区去因中其种苗。在本地区已有根结线虫发生时，可用进入温室换鞋法，避免将线虫带入自己的菜田。同时，避免使用未经清洗的的农机具在自己的菜田里操作。
(2)轮作倒茬。如果菜田已遭根结线虫的污染可使用水淹法进行清除。即有条件地区对地表10厘米，或更深土层淤灌几个月，可起到防止根结线虫侵染，繁殖和增长的作用。
(3)在根结线虫发生严重田块，实行与石刁柏（芦笋）2年或5年轮作，可收到理想效果。此外，芹菜、黄瓜、番茄是高感菜类，大葱、韭菜、辣椒是抗耐病菜类，病田种植抗耐病蔬菜可减少损失，降低土壤中线虫量，减轻下茬受害。
(4)选用无病土育苗。根结线虫多分布在3～9cm表土层，深翻可减少为害。
(5)重病地块收获后应彻底清除病根残体，深翻土壤30~50cm，在春末夏初进行日光高温消毒灭虫。即在前茬拉秧后，分别施生石灰100kg（用石灰氮30~60kg效果更好）和碎稻草4.5～7.5t／hm2，翻耕混匀后挖沟起垄或作畦，灌满水后盖好地膜并压实，再密闭棚室10～15天，可将土中线虫及病菌、杂草等全部杀灭。
(6)冬季冻棚。在我国的北方根结线虫比较严重的地区，应调整保护地蔬菜的茬口，使12月～翌年2月处于休闲状态，将膜揭开利用低温冻死田里的线虫（一般可有三年的效果）。
(7)保护地重病田，定植前用每m2用1毫升1.8%爱福丁乳油或每667m2用156g10%噻唑膦(福气多)颗粒剂撒施，杀死田里的线虫。
(8)生长期间发生线虫，应加强田间管理，彻底处理病残体，集中烧毁或深埋。与此同时，合理施肥或灌水以增强寄主抵抗力。必要时浇灌50%辛硫磷乳油1000倍液。5%好年冬（丁硫克百威）乳油1000倍液灌根。
