由于大棚等保护地设施的相对固定和保护地生产的多年连茬种植，常造成土壤和棚室中的病原菌、虫卵积累，尤其是一些土传病虫害连年发生，病情越来越重，这类病虫害如果不及时加以控制，会造成严重减产或降低产品质量，甚至造成绝产。土壤消毒是控制土传病虫害的重要措施之一，已逐渐为广大菜农所接受。而消费者对无公害产品的追求，也对药剂防治提出了更高的要求。因此，必须更多地依靠农业综合防治措施，以达到对保护地内病虫害控制的目的。保护地土壤消毒主要是利用夏季的自然高温来杀灭土壤病原菌和害虫虫卵。一般利用保护地冬春茬和秋茬之间的空闲时间来进行，应当在棚室育苗或定植前1个月操作。
太阳能消毒：在大棚苦瓜采收拉秧后，清洁田园，多施充分腐熟的有机肥料，然后把地深翻平整好，在7-8月份，气温达351以上时，用薄膜覆盖密闭好棚室，土壤温度可升至50-60℃，甚至更高，这样高温处理约1个月，就可大量杀灭土壤中的病原菌和虫卵，减轻下茬苦瓜土传病虫害的发生。
蒸汽热消毒：用蒸汽锅炉加热，通过导管把蒸汽热能送到土壤中，使土壤温度升高，杀死病原菌，以达到防治土传病虫害的目的。这种消毒方法要求设备比较复杂，只适合经济价值较高的茬口，并在苗床上小面积试用。
药剂消毒：在播种前后将药剂施入土壤中，目的是防止种子带病和土传病虫害的蔓延。目前常用的消毒药剂有6种：
甲醛消毒。每平方米用50毫升甲醛，加水6-12千克，播前10-15天用喷雾器在棚内土壤上进行喷洒，用薄膜密闭盖严，播前一周揭膜，使药液充分挥发。
多菌灵消毒。多菌灵杀菌谱广，能防治多种真菌病害，对子囊菌和半知菌引起的病害防治效果很好。用50%多菌灵可湿性粉剂，每平方米用药1.5克，能有效防治苦瓜苗期的多种病害。
百菌清消毒。每平方米用45%百菌清烟剂1克熏棚5小时，能有效杀灭苦瓜保护地内的多种真菌病害。
波尔多液消毒。每平方米用波尔多液（配比为硫酸铜：石灰：水为1:1:100)2.5千克，喷洒土壤，对苦瓜的灰霉病、褐斑病、锈病、炭疽病等效果明显。
垄鑫消毒。垄鑫是一种广谱性熏蒸杀线虫剂，兼治土壤真菌、细菌、地下害虫及杂草，作用全面而持久，防治效果达95%以上。一般亩用98%垄鑫15-20千克，撒施或沟施，深度20厘米，施药后立即覆土，并盖地膜密封，熏蒸10-15天，放风10天左右。
线克（威百亩）消毒。深翻整地，做成畦，随水冲施，亩用12-15千克，后盖膜熏闷，连续闷杀15天，放气两天。既能杀灭线虫，又能杀灭土壤中病菌。
石灰氮消毒：石灰氮（氰氨化钙）是一种高效土壤消毒剂，产品主要有菌线克、庄伯伯、宁夏荣宝等，具有消毒、灭虫、防病的作用。选择夏季高温、棚室休闲期使用，每亩用麦草（或稻草）1000-2000千克，撒于地面，再在麦草上撒施石灰氮50-100千克，深翻20-30厘米，尽量将麦草翻压地下层。做高30厘米、宽60-70厘米的畦，地面用薄膜密封，四周盖严。畦间灌水，且要浇足浇透。棚室用新棚膜完全密封。在夏日高温强光下闷棚20-30天。闷棚结束后将棚膜、地膜揭掉，耕翻、晾晒，即可种植。
石灰氮在土壤中分解产生单氰胺和双氰胺，这两种物质对线虫和土传病害有很强的杀灭作用。同时石灰氮中的氧化钙遇水放热，促使麦草腐烂，有很好的肥效。夏季高温，棚膜保温，地热升温，白天地表温度可高达65-70度,10厘米地温高达50度以上，这样可以有效杀灭土壤中各种病虫害和杂草。
