由于棚室内温度高、湿度大，有机肥分解快，氮肥挥发量大，施肥过量很容易引起肥害。因此，对连续种植蔬菜3年以上的棚室，鸡粪和牛粪的施入量应控制在每亩2500公斤以内，化学肥料的施入量应减少50%左右，同时还要补施硼、锌、镁等微肥。
有些菜农错误地认为，温度高，蔬菜就长得快。其实，多数蔬菜对温度的上限要求一般在32℃。温度过高会抑制幼果生长，植株营养生长和生殖生长也将失去平衡，产量不仅不会提高反而还下降，有的品种甚至出现只长蔓不长果的现象。
据测定，每平方米栽2株番茄时，50%的光合产物会被营养体消耗，另外50%的光合产物被用于果实生长。如果每平方米栽4株，营养体会消耗70%至80%的光合产物。因此，过度密植会导致产量减少，并且容易发生各种细菌性病害。
