西瓜在贮藏保鲜期危害较大的病害主要有炭疽病、青霉菌性腐烂、冷害、高CO2及低O2伤害等。其中炭疽病和青霉菌性腐烂属于真菌性病害，其他为生理性病害。这些病害轻则造成西瓜商品质量下降，重则导致大量腐烂，是西瓜贮藏保鲜中不可忽视的危害因素。
经过近3年的西瓜贮藏保鲜试验观察，将其病害表现症状、发病原因及防治方法总结如下。
一、炭疽病。炭疽病是西瓜贮藏保鲜期常见的病害之一，其病原菌多数在西瓜成熟前已感染侵入。西瓜成熟采收后，经过预冷，立即贮藏在适宜的低温条件下，或经杀菌剂处理，原有的小病斑发展扩散较慢，而较大的病斑受到抑制。如在15℃以上贮藏，已感染的西瓜则迅速表现症状。发病初期，瓜面上出现淡褐色圆斑，以后病斑逐渐扩大，病斑表面颜色深浅交错，瓜肉也随之软腐下陷，造成腐烂，不堪食用。
防治方法：
⑴采收前7-15天喷800倍的多菌灵效果较好；⑵西瓜采后，用300-600倍多菌灵浸瓜10分钟，晾干后入贮，效果较好；⑶采用适当的低温贮藏，在5-6℃温度条件下，可有效地控制炭疽病的发展。
二、青霉菌性腐烂。青霉菌性腐烂，是西瓜贮藏期多发病害。此病菌来源于西瓜自身和贮藏场所。采后西瓜碰压伤严重，则发病较重。青霉菌主要侵染瓜蒂及伤口，瓜蒂被侵染后，开始表现为白色小斑点，10-15天后斑点扩大，形成许多灰白色的菌丝体，瓜蒂密生一层绒毛状菌丝，最后导致瓜蒂腐烂变黑。其次，西瓜因受伤或其他病虫危害造成伤口，被青霉感染后，最初表现为白色斑点，3-5天后斑点扩大，形成白色菌丝，连片后菌丝可布满整个病斑，然后病斑逐渐向外扩展，从表皮烂及瓜内，并有霉烂味，不能食用。
防治方法：青霉菌性腐烂病的防治方法基本上与防治炭疽病相同，主要是选择无病、优质的新鲜西瓜为贮藏材料，采摘时轻拿轻放，运输中避免剧烈振动，尽量减少伤口，以减少青霉菌侵染发病的机会。另外，用于西瓜贮藏的场所应于西瓜入贮前3天，用硫磺薰蒸（10克/立方米），然后密闭2天，再通风换气即可。
三、冷害。冷害是在冰点以上，不适宜温度下引起的瓜果生理代谢失调。西瓜冷害的临界温度因品种、产地等不同，对冷害的敏感性不同。当贮温低于西瓜适宜温度时，易发生冷害。如丰收一号中晚熟种，在5℃以下的温度贮藏则发生冷害。发病初期，绿色品种瓜面出现不规则较小而浅的深绿色小点，以后逐渐扩大，开始凹陷，使瓜面形成"麻子脸"状，严重时瓜肉外层变软，并逐渐向内层扩展，亦呈水渍状，易被杂菌侵染迅速溃烂。
防治方法：
⑴采前7-10天喷洒0.4%CaCl2溶液，可增加组织中Ca2+的含量，增强西瓜的抗逆性。⑵在适宜的温度下贮藏，可避免冷害的发生。如丰收一号中晚熟种，贮温为7.2-12.5℃，抗病黑巨霸晚熟种，贮温为5-10℃为宜。⑶适度的干爽条件，如相对湿度65-80%，有利控制病害。⑷选择适宜成熟度（八、九成熟）的西瓜贮藏，可降低对冷害的敏感性。
四、高CO2及低O2伤害。西瓜的高CO2及低O2伤害多数发生在气调贮藏中，当气调环境中O2降至1%时，或CO2高于3-8%易发生此病伤害。受害初期，西瓜表面形成深色小斑点，稍陷，以后逐渐扩大，形成界限明显的病斑，开始水浸状，严重时外表皮形成一薄层较脆的外壳，以后逐渐起皱开裂，瓜皮与瓜肉分离，病斑部位沤烂或有酒精味，特别是靠近种子的部位为紫红色，肉质较硬，有韧性，但风味变差。受害重的病斑大而遍及整个瓜面，最后失去食用价值。
在气调贮藏时，主要是严格控制环境中气调指数。西瓜气调指数为O23%-5%，CO20.5-2%。一般每隔7-12天用奥氏气体分析仪检测其气体成分的变化，当短时内CO2浓度增高时，应尽快通气换气，将O2浓度恢复正常范围内，使CO2毒害减轻。
