有机蔬菜生产中只能施用有机肥料，但并不等于说只要是有机肥料就可以随意施用或越多越好。为了保证有机蔬菜的营养品质，并尽可能获得较高的产量，施用有机肥料也要考虑到综合因素的影响，进行科学运筹。
一、坚持合理轮作。合理轮作的目的，不仅仅是减轻病虫害的发生，还为肥料的运筹打下基础。不同的蔬菜品种，其根系对土壤不同层次养分的利用也不同，例如牛蒡、山药可利用较深层次的养分，大白萝卜、胡萝卜可利用较浅层次的养分，菠菜、小青菜可利用的层次就更浅些。另外，不同的蔬菜品种，其对土壤中不同养分的需求利用也不同。
二、科学耕作灌溉。由于施入土壤中的有机肥料的利用效果受到耕作方式的影响，因此耕作要根据不同蔬菜品种的特性和季节来安排：深根品种耕深可适当加大，浅根品种耕深可适当放浅；中晚秋、早春播种品种耕深大些，肥料用量多些，晚春、早夏、早秋播种品种耕深浅些，肥料用量少些。同时，在灌溉时要保证肥料施用时的肥水同步和肥料施用后最佳效果期的肥水同步。
三、按照蔬菜品种特性施肥。不同的蔬菜品种对不同养分的需求不同，例如叶菜类对氮的需求相对多些，茄果类对钾的需求相对多些。在安排施肥时，含氮比例高、肥效较快的有机肥料应优先安排给叶菜类，而含钾较丰富的有机肥料应优先安排给生长后期仍对钾需求较多的茄果类。作物在不同生长时期的需肥特性也有不同，如苗期为培育壮苗，苗床应施用含磷高的肥料；基肥一般施用养分全面、肥效稳定的肥料，但对生育期短的品种而言，还应加一些速效性的肥料；进入旺盛生长阶段，一般施用速效肥料，但也应有所区别，有的施用含氮高的肥料即可，有的还需要补充一定的钾养分。茬口也有影响，前茬残肥多的，后茬可以适当少施肥料；同时根据前茬残肥中养分的不同，对后茬施用肥料品种适当调整。
四、按照肥料品种特性施肥。常见有机肥料的品质特性如下。
1、人粪尿：人粪尿中有机物含量5-10%，N0.5-0.8%，P2O50.2-0.4%，K2O0.2-0.3%，有机物含量较低，磷钾也较少，但氮含量较多，且碳氮比小，施入土中易分解，利用率较高，肥效迅速，被称为细肥。多当作速效氮肥施用，一般施用时对水3倍左右泼浇。由于含有一定盐分，一次用量不可过多。人粪尿应专缸贮存，并加盖，添加少量苦楝，夏季贮存半个月、春秋季贮存1个月。
2、猪圈粪：猪圈粪是猪粪尿加上垫料积制而成的厩肥，有机物含量25%，N0.45%，P2O50.2%，K2O0.6%，含有较多的有机物和氮磷钾养分，氮磷钾比例在2:1:3左右，质地较细，碳氮比小，容易腐熟，肥效相对较快，是一种比较均衡的优质完全肥料。猪圈粪多作基肥秋施或早春施。积肥时多以秸草垫圈，起圈后肥堆外部抹泥堆腐一段时间再用。
3、马厩肥：马（骡驴）厩肥中含土等非有效成分少，肥料质量较高，有机物含量25%，N0.58%，P2O50.28%，K2O0.53%。马厩肥质地疏松，在堆积过程中能产生高温，是热性肥料，肥效较快，一般不单独施用，而是与猪圈粪混合积存，多用做早春肥或秋肥基施；单独积存时，要把肥堆拍紧，堆积时间要长，使其缓慢发酵，以防养分损失。
4、牛栏粪：牛栏粪有机物含量20%，N0.34%，P2O50.16%，K2O0.4%，质地细密，但含水量高，养分含量略低，腐熟慢，是冷性肥料。牛栏粪肥效较缓，堆积时间长，最好和热性肥料混堆，堆积过程中注意翻捣。可以做晚春、夏季、早秋基肥施用。
5、羊圈粪：羊圈粪有机物含量32%，N0.83%，P2O50.23%，K2O0.67%。质地细，水分少，肥分浓厚，发热特性比马厩肥略次，是迟速兼备的优质肥料。羊圈粪运用性广，可做基肥或追肥施用，用于西甜瓜一类作物穴施追肥比较适宜。堆制方便，容易腐熟，注意防雨淋洗即可。
6、兔窝粪：兔窝粪肥分高，含N0.78%，P2O50.3%，K2O0.61%，发热特性近似于羊圈粪，易腐熟，肥效较快，适用性广，可做追肥施用，施用特性同于羊圈粪。
7、禽粪：禽粪养分含量高（鹅粪因含水多而略低），有机物含量25%，N1.63%，P2O51.5%，K2O0.85%，含氮磷较多，养分比较均衡，是细肥，易腐熟，是热性肥料，可做基肥、追肥，用做苗床肥料较好。禽粪中含有一定的钙，但镁较缺乏，应注意和其他肥料配合。
8、秸秆堆肥：秸秆堆肥有机物含量15-25%，N0.4-0.5%，P2O50.18-0.26%，K2O0.45-0.7%，碳氮比高，是热性肥料，分解较慢，但肥效持久，长期施用堆肥可以起到改土作用。堆肥的适用性广，多做基肥施用。积造堆肥时应注意使堆肥水分控制在60-75%，适当通气，加些粪肥调节碳氮比。
9、沼渣与沼液：沼渣与沼液是秸秆与粪尿在密闭嫌气条件下发酵后沤制而成的，其养分含量因投料的不同而有差异。沼渣是养分比较完备的迟性肥料，质地细，安全性好，可做基肥，沼液是速效氮肥，可做追肥或叶面喷肥。
10、草木灰：草木灰是含有丰富矿物元素的速效钾肥，主要成分是碳酸钾，含K2O5%左右，是碱性肥料，一次用量不可过多，可做基肥或追肥。不能同其他粪肥混合，应单独贮存，防止淋水。草木灰适用性广，但应优先用于喜钾作物；还可以用作苗床床土的覆盖，以提高地温。
11、饼肥：饼肥是热性肥料，养分含量高，碳氮比小，肥效略快且稳长，可做基肥或追肥。可以粉碎后直接施用，但能用作饲料的一般以过腹还田较为经济。
12、绿肥：由于耕地有限，一般不专门种植普通绿肥，而是种植蚕豆、绿豆、豌豆、豇豆等养地作物；水花生有较好的富集水体中钾的能力，可以在沟渠中适当发展，以弥补钾肥的不足。在蔬菜生产中，绿肥一般不直接还田，以过腹还田或堆肥为宜。
上述肥料中，猪圈粪、马厩肥、牛栏粪、秸秆堆肥、绿肥以混合堆制较好，有助于克服各自存在的缺点。其他肥料可单积单存。在能进行沼气发酵时，尽量进行沼气发酵。
不同有机肥以搭配施用较好，如西甜瓜施肥，基肥可以施用混合厩肥、饼肥、禽粪、草木灰，团棵期可以少量使用羊圈粪、兔窝粪或浇施沼液，膨瓜后施肥类同于团棵期，但用量可以多些，并视具体情况可以泼浇人粪尿，也可以再施用些草木灰。菠菜等叶菜类施肥，基肥可以施用混合厩肥、禽粪、人粪尿，中期可以泼浇人粪尿、沼液。茄果、瓜类蔬菜，基肥可以施用混合厩肥、饼肥、禽粪、草木灰，苗期可以适当施用沼液，盛果期用草木灰、人粪尿分别对水施用。
