菇蝇是危害食用菌的重要害虫，主要来自未充分发酵的培养料，幼虫又称菌蛆，常咬食子实体造成隧道而影响品质，且造成的伤口很容易被病菌感染。
防治菇蝇在不同时期应采用不同方法：出菇前有菌蛆大量发生，可按每100平方米0.9公斤敌敌畏的用量进行熏蒸，同时在每个培养块上再喷1％的氯化钾或氯化钠溶液(可用5％食盐水代替)0.15公斤；出菇后有菌蛆发生，可喷鱼藤精、除虫菊酯、烟碱等低毒农药（烟碱可自制：取0.5公斤烟梗，加水5公斤煮沸后晾凉喷洒）。此外还应加强通风、调节菇房内的温、湿度，以达到防治其危害的目的。
