果树套袋栽培能减轻多种常见病虫害，降低农药在果实中的残留量，提高果实外观品质，但也会诱发一些潜在病虫害的发生，在套袋栽培时必须注意防治。
一、套袋易诱发的病虫害
1、日灼病。套袋后，袋内温度高于袋外2.5-3.7℃左右，往往容易烫伤，发生不同程度的日灼。这与袋的种类、质量有关。
2、苦痘病、痘点病、水心病等生理缺素症。据调查，普通富士与短枝富士在套袋后，苦痘病的发病率分别为13.4％和18.6％左右，而不套袋的则为4.6％和7.7％左右，其原因主要是套袋后影响了果实对钙的吸收。另外，在施氮肥多的情况下也容易加重发生。
3、梨粉介壳虫。在刚套袋的1-2年一般不发生或发生较轻。套袋后2-3年开始发生，在防治不好的情况下，虫果率可高达40％左右。
4、梨黄粉蚜。梨黄粉蚜喜欢荫蔽的环境，套袋后为其隐体繁殖提供了适宜场所。
5、梨木虱。梨木虱的发生主要是套袋时将其卵套入袋内所致。
6、水锈病、黑点病等侵染性病害。水锈病发生是由于果袋内透气性差，多雨年份湿度过大所致。一般来说，树下部比树上部发病重。果面黑点多是纸袋粘胶和杂菌引起，劣质纸袋发病重。
二、有效的防治措施
1、选袋。套袋时选质量好、具有驱虫作用、透气性好的袋子，如日本小林、青岛爱农、佳田等果袋，可减少浸染性病虫害及日灼的发生。
2、套袋的时期与方法。套袋时要在早晨露水干后开始，并避开日光直射的中午和方位。一般上午套树体西南方向的果实，下午套东北方向的果实，就可减轻日灼病的发生。另外，套袋前后浇水可改变果园的微域环境，也可大大减轻日灼病的发生。
3、适时、合理地喷药与补钙。疏花疏果后至套袋前一周左右普遍喷1-2次杀虫剂与杀菌剂，可有效地防治病虫害的发生。杀菌剂和杀虫剂以内吸性为主。禁喷波尔多液等含铜离子杀菌剂和乳油型杀虫剂。并结合喷药喷一些氨基酸钙或双效微肥补钙，以减轻苦痘病等生理缺素症的发生。摘袋后及时喷布杀菌剂及含钙制剂，可以防止侵染性病害对果实的影响和减轻果实贮藏期苦痘病、水心病等生理缺素症的发病率。
4、除了上述的喷药外，对梨粉介壳虫和梨黄粉蚜还应采取：①冬春季刮树皮集中烧毁；②早春喷洒少量波美５度的石硫合剂；③6-8月份每隔２周左右随机解袋检查，发现为害严重时，可解袋喷布杀虫剂，喷后1-2天仍套上原袋。套袋时注意扎紧袋口，防止虫体从袋口钻入。
